TruSeq Custom Amplicon Low Input Kit常见问题解答

DesignStudio接受以下输入:

• 带有起始和终止位置的染色体数目
• 基因名称(只有外显子和上下游碱基可选)
• 批量上传*.csv文件。

文件上传部分提供了坐标和基因的模板，用于添加新的目标区域。有关更多信息，请参见DesignStudio在线帮助．

当扩增片段长度为150 bp或175 bp时，仅使用ffpe衍生的DNA。当样品输入是ffpe衍生的DNA片段时，较短的扩增子比较长的扩增子提供更好的扩增效果。使用FFPE样品进行库准备，使用Illumina TruSeq FFPE DNA库准备QC Kit根据∆Cq确定输入量。

我们推荐10ng高质量的基因组DNA。对于FFPE样本，输入量取决于∆Cq。有关更多信息，请参见TruSeq FFPE DNA Library Prep QC参考指南(文档# 1000000002137)．

TruSeq Custom Amplicon能够靶向~ 384kb的累积DNA序列(1536个扩增子× 250 bp每个= ~ 384kb)。

CAT是一种定制的扩增寡核苷酸管，它是检测中用于生成扩增子的最终寡核苷酸探针池。一个CAT支持在一个反应中扩增1536个扩增子。

是的。考虑到每个反应的扩增子数量和输入DNA(如FFPE)的类型和数量，对各种检测条件下的PCR循环次数进行了优化。推荐的PCR循环数量确保了足够的产量，以珠为基础的规范化，同时避免过度扩增。

目前，TruSeq自定义放大器低输入支持多达1536个放大器在一个单一反应。在多重反应中扩增子的数量根据定制设计而异，可以从16-1536个扩增子。一个用户可以很容易地在一天内制备超过15万个测序仪准备的扩增子(96个样品× 1536个扩增子)。

1. 输入DNA在开始检测前需要用RS1和SS1稀释。它可以在-25°C到-15°C的环境下储存长达4周。
2. 猫在实验中使用之前被稀释一半
3. 使用珠子杂交，不再使用滤板
4. PCR步骤的新酶

看到TruSeq自定义放大器低输入库准备参考指南有关新工作流的更多细节。

扩增子是由扩增事件(如PCR)产生的DNA片段。

放大器大小可为150、175或250 bp。大小由用户在DesignStudio中创建项目时选择。

使用Qiagen QIAamp DNA FFPE组织试剂盒(目录# 56404)。

对于150 - 250 bp的放大器尺寸，MiSeq系统推荐2 × 150 bp的对端读取。

是的，它们是不同的。TruSeq自定义Amplicon低输入清单文件可以在产品文件页面上找到。

可以使用TruSeq Amplicon BaseSpace App或MiSeq Reporter TruSeq Amplicon Workflow进行分析。

DesignStudio提供了高可靠性的放大器设计，提供了前所未有的放大器复用性能。可以预期特异性>为70%，均匀性>为80%。在实践中，我们观察到数百种设计的特异性和均匀性> 90%。

不。HiSeq系统中的文件目录结构与MiSeq Reporter软件不兼容。

然而，TruSeq Amplicon App可在BaseSpace中使用，并可用于分析该试剂盒。