TruSight肿瘤UMI试剂常见问题解答

TruSight Oncology UMI Reagent包含TruSight UMI适配器v1, TruSight Oncology UP Index primer, TruSight Oncology Library Prep (pre-PCR) -20ºC和4ºC试剂，TruSight Oncology Enrichment试剂。

它不包含基因含量(富集探针)，使用TruSight Tumor 170 DNA富集探针进行专门测试，需要单独购买(TruSight Tumor 170 content Set(48个样品)目录# 20010188)。

30ng细胞游离DNA

TruSight肿瘤学UMI试剂拟用于cfDNA。不支持FFPE样本。

如果DNA输入过高，MTC会非常高，导致家庭规模小，纠错能力差。这可能导致“阈值外”的结果，平均家庭深度≥10米。

如果DNA输入太低，MTC将非常低，导致过测序(即家庭规模大)，并可能导致MTC≥954度量的“阈值外”结果。过度测序可能会导致固有错误率的增加。

对于cfDNA的应用，不需要片段，因为它们本身就是片段。对于基因组DNA样本，建议将片段切至中位大小~ 160bp，以模拟cfDNA大小范围。

看到循环游离细胞DNA的NGS分析对照材料的选择为更多的信息。

遵循TruSight Tumor 170 DNA富集工作流程，并在TruSight肿瘤学UMI工作流集成指南．

UMI适配器是双索引的。中列出的UP索引TruSight肿瘤170参考指南和Illumina适配器序列文件．

推荐使用HiSeq 2500和HiSeq 4000。NovaSeq 6000的性能已经得到了验证，但还没有进行广泛的测试。

如果使用TruSight Tumor 170 DNA探针，HiSeq 2500 High Output上的6个文库读取长度为2x126, HiSeq 4000上的8个文库读取长度为2x151, NovaSeq 6000 (S2 flow cell)上的12个文库读取长度为2x151。

推荐的规则是每100kb的面板需要5000 - 6000万个PF集群。

• HiSeq 2500: 2B簇/ (60M * (PanelSizeinMB/ 100kb)) = Multiplex Samples
• HiSeq 4000: 2.5B clusters / (60M * (PanelSizeinMB/ 100kb)) = Multiplex Samples

示例(1MB面板):2.5B集群/ (60M * (1MB/ 100kb)) = 4个样本

您必须使用UMI错误纠正应用程序成功折叠包含Illumina UMIs的读取。

您可以使用您所熟悉的任何变体调用程序，例如Strelka和GATK。但是，您可能需要进行修改，以允许错误纠正后的BAM文件获得非常高的Q分数(Q70)。

UMI纠错应用程序没有变体呼叫能力，但本地TruSight肿瘤170分析应用程序接受从折叠的BAM文件转换的FASTQs。同样，可能需要进行修改。

由于兼容性问题，BaseSpace Sequence Hub TruSight Tumor 170 Analysis App不接受从折叠的BAM文件中转换的FASTQs作为输入。

噪声等位基因频率(错误率)≤0.007%

的UMI纠错本地应用用户指南描述了系统需求和App使用情况。要获得本地申请，请联系您的销售专家和现场生物信息学专家。

UMI试剂没有与一个变体调用器配对。客户提供的变体调用程序可用于检测indel和放大。

TruSight UMI试剂将固有测序错误率降低到0.007%以下，使变异检测降低到0.4%，目标中值覆盖率足够。

注:由于UMI试剂和纠错软件不包括变型呼叫器，不能保证0.4%的变型检测。有关更多信息，请参见TruSight肿瘤UMI试剂用于变异检测的错误率降低．

不。UMI纠错软件只对准整个人类基因组(hg19)。目前还不可能对整个转录组进行比对。

TruSight肿瘤170的RNA含量尚未被检测。然而，这种探针装置不会被期望从DNA中提取融合物。

HiSeq 2500和HiSeq 4000 - 1tb