采用RNA-Seq的资源
RNA测序（RNA-Seq）越来越多地被用于发现和分析基于RNA的药物反应生物标记物，目的是提高药物开发过程的效率和成功率。虽然许多技术已用于此应用，但RNA-Seq的功能有望带来特别的好处1,2,3. 因此，越来越多的潜在用户，包括那些之前没有下一代测序（NGS）经验的用户，需要为该应用程序提供基于RNA测序的工作流解决方案。
为此，以下资源专为考虑采用此应用程序的具有任何级别NGS经验的用户而设计。它们包含我们发现在采用过程的多个阶段特别有用的信息，从理解RNA-Seq工作流的步骤，到将配置选项与特定的项目需求相匹配，再到准备在实施过程中快速导航的计划。
应用
概述
RNA-Seq药物反应生物标记物发现和分析简介。
工作流程
介绍
多个应用程序用例的关键注意事项、需求和推荐组件。
最好的
实践
“如何”指导，以促进工作流程的实施。
启动
劝告
其他应用程序用户和Illumina专家提供的有关如何快速平稳启动和运行的提示。
分析管道
回顾
基于屏幕截图的演练，从原始数据到通知候选人评估和优先顺序所需的输出。
第1节：应用程序概述
本节概述基于rna的药物反应生物标志物的发现和分析。本文对定量PCR (qPCR)和基因表达阵列等常用方法进行了综述，并对它们各自的优缺点进行了分析。它还回顾了基于ngs的工作流程所提供的好处和在药物开发项目中实施的实际考虑。
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第2节：工作流程介绍
本节介绍了我们推荐的用于发现和分析药物反应RNA生物标记物的RNA-Seq工作流，并概述了从开始总RNA样本到分析数据的过程。
在每个步骤中，将包括以下内容：
- 流程每个步骤的高级描述
- 选择解决方案时要考虑的要点
- 建议的解决方案大纲
| 步 | 图书馆准备 | 排序 | 特征检测 | 生物标记候选ID | 过滤/优先级 |
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| 要求 |
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| 组成部分 |
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| 步 | 图书馆准备 | 排序 | 生物标志物检测 |
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| 满足的要求 |
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| 组成部分 |
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第3部分:最佳实践
本节概述了在规划研究之前需要解决的与排序相关的设计参数。其中包括与读取长度、读取深度、定序器输出模式和其他变量相关的注意事项，这些变量应考虑与程序的要求相匹配。此外，还捕获了与从定量聚合酶链反应（qPCR）和基因表达（GEX）阵列等平台转换为RNA-Seq如何影响日常操作相关的实际考虑因素，以及您如何做好准备。
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第5节：分析管道审查
数据分析历来是采用NGS工作流最具挑战性的障碍之一。这在一定程度上是由于不确定是否可以达到特定应用程序所需的端点，该过程需要什么，以及需要什么级别的专业知识。本节提供了我们推荐的该应用程序分析管道的整体视图，分为特征发现、RNA生物标记候选识别以及生物标记筛选和优先排序。对于更广泛管道中的每个工作流，提供了一个基于屏幕截图的Illumina解决方案的逐步演练。
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工具书类
- 赵S，冯亮W-P，Bittner A，Ngo K，Liu X.活化T细胞转录组分析中RNA-seq和微阵列的比较。PLoS ONE.2014；9（1）：e78644.doi:10.1371/journal.pone.0078644。
- Atak ZK，Gianfelici V，Hulselmans G，等。转录组变异的综合分析揭示了T细胞急性淋巴细胞白血病中已知和新的驱动事件。PLoS Genet.2013；9（12）：e1003997。
- Kumar-Sinha C, Kalyana-Sundaram S, Chinnaiyan AM上皮癌的基因融合景观:seq和你将发现。基因组医学。2015;7:129。