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コロナウイルスシーケンス

コロナウイルス

シーケンスに基因サーベイランスがcovid-19との闘いに贡献

次世代シーケンサー(上天)はコロナウイルスの新規変異株などの病原体を,予備知識なしで効率的に偏りなく同定できます1。急速に広まっているコロナウイルスsars-cov-2の新规変异株(b.1.1.7 [英国で确认]およびb1.351変异はががするたましましたたた,感染,拡,で,covid -19を引き起こすコロナウイルス(sars-cov-2)の同定にに用されました2。その後も,挥动により,公衆衛生当局,ワクチンおよび医薬品の開発業者,研究者は重要なエビデンスを得ることができ,ラボでは以下のことができるようになっています。

  • 
  • 変异の迅速な検出による新规変异株の拡散防止
  • PCRテストなど既存分子诊断では,検出を逃れる可性のウイルス変异の同定
  • ワクチン効力に影響を及ぼす可能性のあるウイルス変異の同定
  • covid-19治疗薬候补のスクリーニング
  • 呼吸器の複数感染および抗菌薬耐性アレルの同定と特性解析
SARS-CoV-2の拡散および今後の変異の迅速な発見と制御
柯维塞克は、SARS冠状病毒2型ウイルスの変異を検出し、新規変異株の拡散を防ぐための重要な情報をもたらします。

コロナウイルスのngsの比较

新規ウイルスの検出 SARS-CoV-2のサーベイランス 仪器病原体のの検出および
検査ニーズ ショットガンメタゲノミクス アンプリコン
Illumina Covidseqテスト(Ruo餐品)
ターゲット濃縮
スピードおよびターンアラウンドタイム
拡张性およびコスト效率
新規病原体の同定
感染の追跡
変异の検出
复数感染および复雑な疾患の同定
抗菌薬耐性の検出

临床临床検查ニーズにに十にに

臨床検査ニーズの一部に対応

コロナウイルスシーケンスの详细

ショットガンメタゲノミクス

特定の中间に存する生物すべてののシーケンスをにににいを的的い病病を同定しますこのししはますははははます调查を拡せの调查をさせててててせてせせせせてののな临床検查ののな临床検查検查のを临床临床ます。

ターゲット浓缩シーケンス

コロナウイルス,インフルエンザウイルスなどの呼吸器病原微生物に加え,関連する抗菌薬耐性アレルを検出し,特性を解析します。こうした情報は,研究者による呼吸器感染症のモニタリングと感染症制御戦略の最適化に役立ちます。この方法では,ターゲット特異的プローブへのハイブリダイゼーションにより目的のゲノム領域をキャプチャーします。

アンプリコンシーケンス

ウイルスゲノムの特异的领域のシーケンスにより,コロナウイルスSARS-CoV的-2が存在することを検出します。この方法では,PCRアンプリコンのウルトラディープシーケンスを行って,目的のゲノム领域を解析します。

经常一起购买

covid-19 ngsウェビナー

SARS-CoV-2の臨床メタゲノミクス解析

covid-19のパンデミックにより,sars-cov-2のようなななな病病病のおよびモニタリングのためのツールのがが明显に示されましまし世代シーケンスはコロナウイルスのののた検出能能コロナウイルスににし能可以検查およびワクチンの开発を加速しています。

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ngsによるsars-cov-2の検出およびサーベイランス

新闻のの初初,モニタリング,サーベイランス,诊断検出,covid-19のパンデミックにする世代世代の幅広い适适范囲详细をください。

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コロナウイルスのグローバルサーベイランスにおけるゲノミクスの役割

元米国FDA長官のスコット・ゴットリーブ医師が,COVID-19サーベイランスにおけるゲノミクスおよびシーケンステクノロジーの役割と利点について説明します。

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コロナウイルスシーケンスのアプリケーションノート

呼吸器病原体および抗菌薬耐性の検出

迅速ターゲット濃縮シーケンスにより,呼吸器病原体(SARS-CoV-2,インフルエンザウイルス,真菌など)および関連する抗菌薬耐性アレルを幅広く検出します。

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Illumina公司RNA预科与浓缩による呼吸器系ウイルスの検出および特性解析

迅速ターゲット浓缩シーケンスワークフロー,コロナウイルス,インフルエンザウイルスなどの呼吸系ウイルス高感度しし,特性を解析し。

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Illumina公司MiniSeqシステムによる呼吸器系ウイルスの迅速検出

MiniSeq快速試薬によりシーケンスのランタイムが5時間未満に短縮され,コロナウイルスや他の呼吸器系ウイルスを迅速に検出できます。

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コロナウイルス関連ソフトウェアツール
これらこれらツールにより,コロナウイルスコロナウイルスのシーケンスデータ解析解析加入化,サンプルサンプルの简化化,宿主宿主研促进促进が可口,サイエンティストサイエンティスト公式データベースへの提供容易になります。

よくある質問(FAQ)

基本的に,診断検査は臨床医が患者を診るうえで有用で,サーベイランスは感染集団の把握に必要です。

诊断検查は,個々の患者に重要なイエス/ノーの答えを提供し,適切な体制を提供できるようにします。

サーベイランスは,公园卫生当局が疫経路経路を追迹,感染感染を理解し,接触者追迹追迹し,ウイルスウイルス进追迹速度をを,ウイルスが诊断やの效果し影响与えるにのの效果をているかどうかを理解するのに役立ちます。

门店は,患者サンプルに含まれる新規病原体を予備知識なしで偏りなく検出することができます。

感染症検出における重要课题课题,ヒトヒト呼吸器材疾患や化器疾患などの原因となるウイルスたた微なるなるた微微研研もはまだれてず,pcrのようなターゲットアプローチはののない,または検出されないとことですです。pcrアッセイの开开には,病原体の情のがです。ははの未知の规原ののにおいて重要役割を果たしおり,得られた果たしおりおり医得患者致理性に有用なpcrなどのルーチン検查の开启に使使ことができます。

ngsを病原体ゲノムゲノムの进追迹追迹の使して,公公卫生物当局感染広がりをし,集団レベルで最适な隔离计画判断のの役立てることができます。当时からのウイルスをシーケンスシーケンスことこと,ウイルスウイルス化速度を测定,ウイルスの変化が测定し诊断效性や治疗性性性影响をててにかをすることができいるのかを把握することができ。PCRは,繁体ゲノムの特价领域が现处于しているどうかを検出ためのものであり検出急速进进病原であり全の新闻変异同定ことはできんさらにははませ。さらに,変异がませプローブ。性能は低します。

疫学者は,挥动を活用して世界中の患者サンプルのウイルスゲノムにおける変異を調べ,この情報を使用して患者間の感染経路を示す遺伝系統樹(あるいは地図)を作成することができます。病原体の遺伝的類似性によるクラスターは,同一の感染の鎖にいる患者に属しています。これらの感染の鎖により,公衆衛生当局は病原体の発生源を迅速に同定し,流行経路を追跡し,感染経路を把握し,適切な封じ込め対策を周知することができます。

ショットガンメタゲノミクスワークフローでは,新规の种既知既知种,どちらも検出が可です。未知も検出が可です。未知の病原の感染拡拡拡拡した际にははは复の诊断が使は复れること検查使使复されるが诊断検查されるががががれるれるれるれるがががれるがことが〗�の取り组みのための新しい临床検查の开発をサポートします。

SARS-CoV-2などの病原体が同定されると,ターゲット濃縮ワークフローは,ウイルス検出に必要な高い感度を発揮し、疫学や進化の情報をもたらします。こうした情報は,隔離の緩和と通常の活動の再開を容認できる時期のモニタリングなどの感染症制御戦略の最適化や,ワクチン開発に役立ちます。

イルミナのシーケンサーを用いたこれらの補完的なワークフローは,従来の検査法と併せて実施することができ,包括的な感染拡大対応モデルに組み入れることができます。

呼吸道病毒Oligo面板には,一般的な呼吸器材系,最近最近のインフルエンザ,およびsars-cov-2をふくむコロナウイルスをするためのが7,800个あり,阳性対照として使使できるもあります。は非常に密な间隔配置された80-merのオリゴであり,パネルに含まれるのウイルスのゲノムカバレッジをしします。

  • ヒトコロナウイルス229e.
  • ヒトコロナウイルスNL63
  • ヒトコロナウイルスOC43.
  • ヒトコロナウイルス香港大学1
  • SARS-CoV-2
  • ヒトアデノウイルスB1
  • ヒトアデノウイルスC2
  • ヒトアデノウイルスe4.
  • ヒトボカウイルス1型(灵长类bocaparvovirus 1孤立st2)
  • ヒトボカウイルス2C型PK隔离PK-5510
  • ヒトボカウイルス3型
  • ヒトパラインフルエンザウイルス1型
  • ヒトパラインフルエンザウイルス2型
  • ヒトパラインフルエンザウイルス3型
  • ヒトパラインフルエンザウイルス4A型
  • ヒトメタニューモウイルス(CAN97-83)
  • 呼吸器多核体ウイルス(一)型)
  • ヒト呼吸器多重体ウイルス9320(b型)
  • インフルエンザ一ウイルス(A /プエルトリコ/ 8/1934 (H1N1))
  • インフルエンザaウイルス(a /韩国/ 426/1968(h2n2))
  • インフルエンザAウイルス(A /ニューヨーク/ 392/2004(H3N2))
  • インフルエンザ一ウイルス(A /ガチョウ/広東/ 1/1996 (H5N1))
  • ヒトボカウイルス4型镍株hbov4 - NI - 385
  • KIポリオーマウイルスストックホルム60
  • 吴ポリオーマウイルス
  • ヒトパレコウイルス1.型 PicoBank/HPeV1/a
  • ヒトパレコウイルス6型
  • ヒトライノウイルスA89.
  • ヒトライノウイルスc(024株)
  • ヒトライノウイルスB14
  • ヒトエンテロウイルスc104株:ak11
  • ヒトエンテロウイルスC109隔离nica08 - 4327
  • インフルエンザ一ウイルス(A /浙江/ DTID-ZJU01/2013 (H7N9))
  • インフルエンザAウイルス(A /香港/ 1073/99(H9N2))
  • インフルエンザAウイルス(A /テキサス/ 50/202(H3N2))
  • インフルエンザ一ウイルス(A /ミシガン/ 45/2015 (H1N1))
  • インフルエンザBウイルス(B /リー/ 1940)
  • インフルエンザBウイルス(B /ウィスコンシン/ 01/2010)
  • インフルエンザBウイルス(B /ブリスベン/ 60/2008)
  • インフルエンザBウイルス(B /コロラド/ 06/2017)
  • インフルエンザBウイルス(B /ワシントン/ 02/2019)
  • ヒト対照遗伝子

ターゲット濃縮は,ターゲット特异的ビオチン化プローブへのハイブリダイゼーションにより目的のゲノム领域をキャプチャーするリシーケンス法です。ハイブリッドキャプチャー法によるターゲット浓缩では,高感度検出が実现するため,高いリード深度は不要になります。また,ターゲット浓缩ngsワークフローではターゲットの完全なシーケンスデータ得られるためためのののバリアント解析ウイルスのなどなどのアプリケーションの広がりの広がり広がり広がり広がり広がり広がり広がり

一方、アンプリコンシーケンスは,病原体ゲノムの特性的领域を同定ことにより,サンプル中间の病原体内のを検出でものです。できできん(が,これはウイルスウイルスの化やウイルス必要なことですですサーベイランスことですです)。

ターゲット浓缩ngsワークフローフローでではターゲットほぼほぼほぼほぼ完全なほぼ得ためためデータられるため,コロナウイルスの进进バリアント解析ウイルスのサーベイランスのアプリケーションの広がりますますますますます。アンプリコンシーケンスます。さらに,ハイブリッドキャプチャーによる浓缩で,ターゲットターゲット领域を的プローブプローブを使え使えきなさらにオリゴプローブオリゴプローブでででオリゴプローブオリゴプローブはははれるオリゴプローブははきなれるオリゴプローブははきなきなオリゴプローブは高度に変异し领域ででもを持続できる,rnaウイルスウイルスなどの急速に进しているウイルスのターゲティング能てになりなりなり能にになり

コロナウイルスSARS-CoV-2のような病原体が同定されると,アンプリコンシーケンスによって高いコスト効率と拡張性で迅速に病原体を検出できます。一般的な全ゲノムシーケンス診断法として使用する場合,幅広いターゲットをカバーできるため,変異の影響を受けにくくなります。研究目的として全ゲノムシーケンスを使用すると,ウイルス変異のモニタリングと系統解析が可能です。

コロナウイルスSARS-CoV-2のような病原体が同定されると,ウイルス濃縮シーケンスパネルによって全ゲノムや複数のサンプルで認められたゲノム変異を検出することで、疫学情報と併せて高感度検出を行うことができます。この情報は感染の疫学情報を定義する役に立ち,公衆衛生当局は最適な感染制御戦略を作成できます。

イルミナの呼吸道病毒Oligo面板では,検出規模が約30種類の呼吸器系ウイルスまで拡大し,パネルに含まれる他のウイルスの複数感染を調べることができます。

このアンプリコンののngsテストテストは,sars-cov-2のウイルスrnaを検出するためデザインさた2019-ncovプライマーが含まれいます。

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当社のシーケンスプラットフォームページで、製品をご覧ください。シーケンサーの選択は、シーケンスで頻繁に使用する方法によって異なります。それぞれの方法で推奨される最適なシーケンサーについては、上記のワークフローをご覧ください。

イルミナとIDbyDNA,挥动による感染症のソリューションを提供するために提携

本パートナーシップは,臨床現場における感染症検査への挥动の普及拡大を目的としています。COVID-19パンデミックのなかで,サーベイランスを目的に挥动を行う世界中のお客様を対象に,より良いサポートを提供するために推進されました。

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イルミナおよびIdbydna.

技术与关键词

イルミナのシーケンサーの新闻コロナウイルス除染

イルミナでは,米国CDCおよび世界保健機関(世卫组织)の推奨事項を踏まえ,新型コロナウイルスSARS-CoV-2 (2019 - ncov)との接触が疑われる挥动装置または接触したことが判明している装置の除染について,本手順を推奨します。

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シーケンスランの性能に対するアンモニウムベース洗浄剤の影響

シーケンサーシーケンサー近くで,(covid-19のパンデミックパンデミック検查室の洗净によく利用されている消毒消毒アンモニアの洗净や消毒すると,シーケンスランのが低低おそれあります。回避するためのヒントをくださいください。

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COVID-19の挥动に関する最新ニュース

オーストラリアのCOVID-19追跡システムを構築

オーストラリアの公衆衛生研究所は、画期的な取り組みにより、オーストラリアで2019冠状病毒疾病陽性と判定されたすべてのウイルスゲノムをイルミナのテクノロジーでシーケンスし、州ごとではなく全国規模で2019冠状病毒疾病を追跡しています。

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米国におけるCOVID検査のスケールアップ

イルミナは先ごろ,NIHの加速诊断(RADx,診断迅速化)イニシアチブ亚博下载appに参画し,COVID検査サービスを提供して,SARS-CoV-2検査を幅広く利用できるように貢献しています。

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COVID-19の宿主応答研究の加速

BaseSpace关联引擎を活用する共同研究環境は,重要なパスウェイ,バイオマーカー,有望な医薬品候補リード化合物に関する仮説をCOVID-19の研究者が検証する役に立ちます。

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イルミナと螺旋,新规変异株の流行评価ためため连携

COVIDSeqは,ウイルスのB.1.1.7変異株の同定に役立ちます。イルミナと螺旋は,米国疾病管理予防センター(CDC)のサポートを受け,米国における新規変異50株症例以上をすでに同定しました。

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ショットガンメタゲノミクス対応製品

Illumina链总RNA Prep与核糖零度加

幅広いサンプルタイプの迅速なライブラリー調製が可能で,比類ない柔軟性を備え,コーディングおよびノンコーディングトランスクリプトーム解析に対応します。

rRNA消耗试剂盒

Illumina公司Ribo-Zero +キットだけで,ヒト,マウス,ラット,細菌の各サンプルのリボソームRNA除去が可能です。

NextSeq 2000

革新的なベンチトップ型シーケンサーでは,現在と将来のさまざまなアプリケーションで,さらに高効率で制約の少ない新たなサイエンスを探求することができます。

ターゲット浓缩対応制品

ISEQ 100.

100年iSeqシステムは,スピードや手ごろな価格帯とともに,相補型金属酸化膜半導体(CMOS)技術と综合排序(SBS)ケミストリーの精度を兼ね備えています。

この制品について
MiSeq

miseqベンチトップ型シーケンサーはおよびおよび生ゲノムアプリケーションにし,高品质なシーケンス,シンプルなデータ解析,クラウドでの解析を実现ししししししし

この制品について
Illumina RNA浓缩Prep

Illumina公司RNA与浓缩は预科,イルミナのライブラリー調製用製品の中で最も迅速かつ柔軟なRNAターゲットシーケンスソリューションです。

この制品について
シーケンスに基づくサーベイランスはCOVID-19との闘いにどのように貢献するか

イルミナの最高医療責任者フィル・フェボ博士が,次世代シーケンスベースのサーベイランスをコロナウイルスSARS-CoV-2との闘いに利用する5つの主な方法を説明します。

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ショットガンメタゲノミクス

特定の複雑なサンプル中に存在する微生物すべてのシーケンスを包括的に行います。さまざまな環境における新規病原体の同定や微生物の存在量の測定を行います。

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ターゲット濃縮

ハイブリッドキャプチャー法によるターゲット濃縮では,高感度検出が実現するため,ショットガンメタゲノミクスシーケンスで必要とされる高いリード深度は不要です。

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アンプリコンシーケンス

このターゲットを高度绞り込むマルチpcrmにマルチシーケンスは,少少を,少ターゲット,1回のラン同同に解析ます。

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参考文献
  1. 病毒宏基因组学在人畜共患和虫媒病毒疾病监测中的应用。J Biol Agr health . 2017;7(21): 35-41。
  2. 一种新型冠状病毒来自2019年中国肺炎患者。N Engl J Med. 2020;382(8): 727 - 733。