对对抗和找到治疗传染病的方法至关重要的是了解疾病的发病机制、病原体的毒性,以及进一步了解人类微生物组如何影响对病原体和治疗的反应。下一代测序(NGS)可以帮助研究人员研究宿主与病原体的相互作用,揭示病原体如何致病,探索病原体感染机制。了解这些因素可以为公共卫生决策提供信息,并有助于确定潜在的未来治疗目标。
NGS还可用于临床研究,以确定宿主微生物组是否影响免疫、疫苗效力或治疗反应,以及研究病原体和宿主基因表达的影响以及这如何影响宿主对疾病或治疗的反应。使用Illumina NGS研究宿主-病原体相互作用的遗传学的主要好处包括:
基于NGS的RNA测序可以揭示关于宿主和病原体基因和转录物的激活/失活和表达水平的有价值信息。这些发现可以阐明宿主-病原体相互作用在致病过程中的作用以及疾病传播的生物学途径。此外,转录组分析可以揭示宿主、病原体和微生物群落成员之间的复杂相互作用。
通过对人体内和人体上微生物群落的研究,研究人员可以了解微生物在健康和疾病中的作用。
分析给定复杂样本中的所有基因组内容。预测微生物群落的功能潜力,检测抗微生物耐药性和毒力基因,评估微生物多样性,分析无培养的微生物。
RNA测序为分析和量化细菌、病毒和其他微生物转录物提供了一种无偏见的方法。
NGS可以识别新的病原体,区分只相差一个SNP的传染病菌株,并取代对多种检测的需要。
探索研究宿主遗传风险因素和免疫系统对SARS-CoV-2病毒反应的方法。