微生物の全ゲノムシケンス
微生物の全ゲノムシーケンスは,新規微生物のゲノムのマッピング,既知微生物のゲノムフィニッシング,または複数のサンプルにわたってゲノムを比較するための重要なツールです。また,全ゲノムシーケンスは,正確なレファレンスゲノムの生成,微生物同定および他の比較ゲノム研究にとって重要です。
キャピラリーシーケンスやPCRをベースとするアプローチとは異なり,次世代シーケンサー(上天)はそのマルチプレックスの威力で,微生物学研究者が何百もの微生物をシーケンスするのを可能にします。従来の方法と異なり,次世代シーケンサーは,労力のかかるクローニングステップに頼ることなく,時間を節約してワークフローを簡素化します。次世代シーケンサーは,他の手法では見逃されるか,コストが膨大になり同定できないような低頻度多型およびゲノム再編成を同定することができます。
De novo微生物ゲノムシケンス
全ゲノムシーケンスとは,ゲノムレファレンスを用いずにゲノムをアセンブルすることであり,多くは新規微生物ゲノムのシーケンスに用いられます。イルミナのシーケンサーは,高品質なドラフトおよび完全な微生物ゲノムアセンブリーのために,比類のない生のリード精度,リード長およびリード深度を提供します。
微生物の全ゲノムリシケンス
全ゲノムリシーケンスでは,微生物の全ゲノムをシーケンスして,そのシーケンスを既知のレファレンスのものと比較します。迅速かつ正確なシーケンス情報を産出することは,低頻度変異の検出,重要な欠失および挿入の発見,ならびに微生物株間における他の遺伝的変化の発見に不可欠です。
微生物全ゲノムシケンスワクフロおよび製品のご提案
こうした実験を行うには多くの手法がありますが,それらの手法はワークフローのステップごとに製品としてご提案することができます。
以下のをクリックしてワクフロの各ステップで利用できる製品をご覧ください。
QuickExtract細菌DNA抽出キット
グラム陽性菌およびグラム陰性菌からdnaを抽出する簡便な方法。
完整的DNA和RNA精製キット
あらゆるタイプの生物物質からの無処置全核酸(TNA), DNAまたはRNAの効果的な精製を可能にします。
Nextera Mate-Pairサンプル調製キット
ゲルを必要としない手法であり，低いDNA 12 kbのラ。この手法は,更始シーケンス,ゲノムフィニッシングおよび構造上の変異検出にとって理想的です。
Nextera XTサンプル調製キット小さなゲノム(細菌,古細菌,ウイルス),アンプリコンおよびプラスミドを対象とするシーケンスが即可能なライブラリーであり,ワークフローは90分以内(ハンズオンタイム15分)に終了します。
TruSeq DNA PCRフリサンプル調製キット
シンプルで,ゲルを必要としない短いワークフロー,最も難しい領域をシーケンスする能力,および全ゲノムシーケンスアプリケーションのための最大量の多型を同定する力のすべてを兼ね備えたサンプル調製です。
MiSeqシステム
MiSeq v3試薬キット
最高出力15gbの使いやすいベンチトップ型シケンサおよび試薬
NextSeq 500NextSeq桌面测序系统是第一个也是唯一一个提供外显子组、转录组和全基因组测序的桌面测序器。
MiSeq记者
各サンプルに関する品質およびカバレッジの情報のみならず,一次および二次解析データは,シンプルかつ直観的なグラフィック形式でご利用できますDNAStar SeqMan Ngen (BaseSpaceでご利用可能)細菌ゲノムシケンスのde novoアセンブリ
SPAdes Genome Assembler BaseSpace App用于组装微生物基因组序列的在线生物信息学工具。
用BaseSpace App重新组装细菌
DNASTAR SeqMan NGen执行细菌基因组序列从头组装。
統合型ゲノミクスビュワ(igv)
複雑な多型解析を行うために,多くのサンプル由来のアラインメントおよび多型を表示する強力なゲノムブラウザー。
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追加リソス
参考文献
- Köser CU, Bryant JM, Becq J, Török ME, Ellington MJ等(2013)结核分枝杆菌全基因组测序的快速药敏检测。中华医学杂志32(3):369 - 371。
- Harrison EM, Paterson GK, Holden MT, Larsen J, Stegger M, et .(2013)全基因组测序鉴定具有新型mecA同源物mecC的MRSA分离株的人畜共患传播。EMBO分子医学5(4):509-15。
- Kato-Maeda M, Ho C, Passarelli B, Banaei N, Grinsdale等(2013)利用全基因组测序确定暴发期间结核分枝杆菌的微进化。《公共科学图书馆•综合》8 (3):e58235。