分子流行病学描述了一个识别疾病遗传基础的过程,包括宿主和病原体内影响感染、传播和预防的变异。分子流行病学专家通常专注于确定感染源、追踪传播途径和识别与病毒毒力相关的基因d耐药性,以支持医院感染控制和流行病学调查。
下一代测序(NGS)允许对多个分离株进行高度精确的、无假设的分析以进行检测,取代了识别生物体、检查耐药性和毒力的多种测试。相比之下,传统的病原体鉴定和表征方法往往受到一系列假设的指导,只针对有限数量的微生物进行优化。
NGS的一个关键优势是,研究人员可以生成能够识别一系列生物体(细菌、病毒和寄生虫)的基因组序列数据.研究基因组的变异有助于进行横断面研究,以更好地了解导致感染和传播的机制,并进行系统发育分析,以确定生物体之间的相关性。
使用全基因组测序数据进行高分辨率病原体分型可以区分许多旧方法无法区分的生物体。
微生物全基因组测序可以帮助流行病学家克服追踪疾病起源和调查疫情的传统挑战。
詹尼弗·加迪(Jennifer Gardy)博士解释了NGS是如何为公共卫生工作增加力量的,以及它如何被用于重建加拿大不列颠哥伦比亚省爆发的结核病,让我们了解基因组流行病学。
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这个基于ngs的工作流程针对呼吸道病原体和抗菌素耐药性等位基因,并提供了由IDbyDNA支持的简化数据分析。
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