HLA区域是基因组中最密集的多态区域。由于HLA基因和假基因之间高度的序列同源性、密集的变异性以及人群中数千个HLA等位基因的不良特征,HLA基因测序曾经是众所周知的困难。
采用Illumina合成测序(SBS)化学的NGS克服了这些挑战,实现了对关键HLA基因的简单、高质量分析。高度准确和稳健的Illumina合成测序(SBS)化学是全球最成功和最广泛采用的NGS技术*
原则上,NGS类似于Sanger(毛细管电泳法)测序。DNA片段的碱基是根据每个片段从DNA模板链重新合成时发出的信号顺序确定的。NGS扩大了这一过程;数百万个反应以大规模并行方式发生。这一进展使大片段DNA(如HLA区域)的快速测序成为可能。
Illumina NGS技术支持配对末端测序,这是一项独特的功能,对于成功、明确的HLA分型至关重要。对库DNA片段的末端测序产生高质量的碱基调用。两次读取之间的物理联系(源自相同的克隆扩增库DNA片段)允许在每个读取对中发现变体的关联。随机库片段生成过程的结果是成对读取之间的距离不同,允许直接解析2个变体的阶段。
多路复用可以在一次实验中同时对大量的基因座进行测序。每个位点都添加了单独的“条形码”序列,以便在HLA测序数据分析过程中对其进行区分。
这个TruSight HLA v2测序面板(最初由Illumina开发,现在可从CareDx)通过单一的工作流程,在一台仪器上,同时对数十个样本,在一次分析中为11个位点实现阶段解析、样本报告HLA分型。解决每个位点每个样本的歧义的日子一去不复返了;TruSight HLA首次提供超高分辨率的分型结果。
*数据计算存档。Illumina公司,2015年yobet亚洲