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HLA测序

高精度HLA测序

对HLA区域进行测序可以提供对免疫疾病的重要见解。用常规方法获得高分辨率人类白细胞抗原(HLA)分型结果需要多种分析、系统和分析程序。

通过下一代测序(NGS)进行HLA分型使用单个分析、系统和分析程序生成明确的、阶段分辨的HLA分型结果。

HLA测序的新范式
HLA测序的新范式

在一次分析中实现HLA分型的高准确性、高效性和确定性。

靶向测序

基于NGS的HLA分析的优势

HLA区域是基因组中最密集的多态区域。由于HLA基因和假基因之间高度的序列同源性、密集的变异性以及人群中数千个HLA等位基因的不良特征,HLA基因测序曾经是众所周知的困难。

采用Illumina合成测序(SBS)化学的NGS克服了这些挑战,实现了对关键HLA基因的简单、高质量分析。高度准确和稳健的Illumina合成测序(SBS)化学是全球最成功和最广泛采用的NGS技术*

NGS在HLA分析中的应用

原则上,NGS类似于Sanger(毛细管电泳法)测序。DNA片段的碱基是根据每个片段从DNA模板链重新合成时发出的信号顺序确定的。NGS扩大了这一过程;数百万个反应以大规模并行方式发生。这一进展使大片段DNA(如HLA区域)的快速测序成为可能。

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相位分辨HLA序列分析

Illumina NGS技术支持配对末端测序,这是一项独特的功能,对于成功、明确的HLA分型至关重要。对库DNA片段的末端测序产生高质量的碱基调用。两次读取之间的物理联系(源自相同的克隆扩增库DNA片段)允许在每个读取对中发现变体的关联。随机库片段生成过程的结果是成对读取之间的距离不同,允许直接解析2个变体的阶段。

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HLA序列特征研究

肿瘤特异性HLA配体
使用肿瘤特异性HLA配体的精确免疫治疗

RNA序列和HLA分型正在提高目标发现平台的能力和效率。

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靶向DNA分析
HLA遗传学与自身免疫性疾病

研究人员用NGS查询基因组,并进行HLA基因分型,以确定免疫介导疾病的新风险位点。

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DNA测序
巴西HLA多样性研究

利用巴西人的遗传多样性,研究人员开发了一个HLA变异数据库。

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深入了解免疫疾病

NGS和微阵列解决方案使研究人员能够研究潜在的自身免疫疾病机制、免疫系统、肿瘤免疫原性以及免疫相关基因变异的功能后果。

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免疫肿瘤学研究

多路复用的优点

多路复用可以在一次实验中同时对大量的基因座进行测序。每个位点都添加了单独的“条形码”序列,以便在HLA测序数据分析过程中对其进行区分。

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报告HLA分型的样本

这个TruSight HLA v2测序面板(最初由Illumina开发,现在可从CareDx)通过单一的工作流程,在一台仪器上,同时对数十个样本,在一次分析中为11个位点实现阶段解析、样本报告HLA分型。解决每个位点每个样本的歧义的日子一去不复返了;TruSight HLA首次提供超高分辨率的分型结果。

要报告的HLA样本

特色测序仪器

  • MiniSeq系统:MiniSeq具有较低的购买价格和成本效益,即使样本数较低,也能实现广泛的目标DNA和RNA应用。
  • 米塞克系统:以访问为中心的应用程序,如靶向重测序、宏基因组学、小基因组测序、靶向基因表达谱等。

参见所有台式定序器

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特色资源

TruSight HLA v2白皮书
白皮书:HLA测序

72个国际组织相容性工作组(IHWG)参考样品的重复测序结果。

Illumina合成测序
Illumina合成测序

Illumina SBS化学彻底改变了基因组学的研究。参见《SBS化学在行动》。

*数据计算存档。Illumina公司,2015年yobet亚洲