2019/06/21
在一克健康的土壤中，有数百万种生物，包括蚯蚓、线虫、螨虫、昆虫、真菌、细菌和放线菌。*土壤微生物群是高度多样化、复杂的微生物群落，对人类、动物和环境健康的许多方面都有贡献。
本周，在旧金山举行的2019年美国微生物学会会议上，加州Illumina公司和PerkinElmer公司扩大了他们的联合宏基因组学工作。yobet亚洲该公司的自动宏基因组测序工作流程，也用于对粪便样本中的人类微生物群进行研究，现在使研究人员能够更准确地描述土壤宏基因组群体。
调查土壤样品的能力提高了我们对土壤动态功能的理解，如其对气候变化事件的响应或对农业发展的影响。然而，土壤微生物群落的多样性，以及各种PCR(聚合酶链反应)和文库制备抑制剂的存在，使无偏提取高质量DNA用于下一代测序(NGS)成为土壤宏基因组学研究的挑战。
宏基因组学是对宏基因组的研究，宏基因组是环境样本中微生物的集体基因组。这提供了关于特定环境的微生物多样性和生态的信息。宏基因组霰弹枪测序提供了一种公正的选择，以扩增子为基础的方法来评估无培养微生物群落的组成和预测功能概况。
“土地管理、作物轮作、杀虫剂和化肥的使用、温度和pH值等外部因素都会影响土壤中的微生物群落。PerkinElmer应用基因组学副总裁Masoud Toloue说:“了解和表征土壤宏基因组群体可以调节植物的性能。”“我们与Illumina合作，开发了第一个全自动土壤样品制备、测序和分析工作流程，专门用于深入了解微生物群落环境的变化。”
共同开发的工作流程从土壤样品中分离出纯DNA，以检测多种生物光谱，包括细菌、真菌和病毒。用PerkinElmer提取土壤基因组DNAchemagic™360仪器，然后使用Illumina编制库Nextera™DNA Flex Library Prep Kit．然后在Illumina上进行排序NextSeq™550平台并使用Illumina的BaseSpace Sequence Hub上的软件应用程序分析数据。这种全面的端到端工作流有助于生成高质量的数据，用于物种鉴定和功能分析。
Illumina公司产品管理副总裁Kevin Meldrum说:“由于传统工作流程的限制，以及大约10%的微生物是可培养的，土壤中的微生物组成仍然有些神秘。”“由于大量的物种没有参考基因组，用现有的数据库和工具很难检测这些物种，这使得了解每个微生物种群的全部功能潜力以及它们对人类和环境健康的重大影响具有挑战性。因此，我们很高兴与PerkinElmer合作，提供这个全面的工作流程，我们将继续评估工具，帮助研究人员更密切地研究微生物群落。”
