Illumina的COVID测试服务

菲尔·菲博，首席医疗官

如果我们想控制美国的新冠病毒-19大流行，我们必须广泛提供SARS-CoV-2检测。在没有测试的情况下，公司、学校和公共卫生官员正在盲目飞行，社区传播可能会继续，有增无减，直到研制出有效的疫苗和/或人群免疫力限制病毒传播。

为了帮助规模测试，Illumina最近加入了美国国家卫生研究院的快速加速诊断(亚博下载appRADx^SM)，并将推出我们自己的COVID测试服务。我们相信，这些努力将有助于缩小检测差距，并提供可操作的测序信息，为病毒控制提供信息。

扩展COVID测试一直是一个巨大的挑战。今年早些时候，哈佛大学萨弗拉伦理中心(Safra Center for Ethics at Harvard University)建议我们可以这么做6月每天需要500万次检测到秋天，这一数字将上升到每天2000万。洛克菲勒基金会提议增加到秋季每周3000万．其他人则建议采取更为温和的措施每天50万同时仍然预测有更大的需求。

但单靠检测是不够的。这些预测的变化是基于对病毒基本繁殖价值以及社会距离和接触追踪计划有效性的假设。这些努力必须同样有力。

截至8月25日，美国报告了7960万次使用9%的总检测阳性率．在过去的两个月里，测试的范围在479000和927000。虽然目前的测试能力满足较低的范围，但我们仍比较高的测试建议低10至20倍。

这是一个持续的紧急情况。成功控制新冠病毒-19的国家很早就接受了检测，而且经验丰富低检测阳性率（即阳性检测除以所有检测*100）：新西兰0.4%，台湾0.6%，澳大利亚0.6%，韩国1.5%%．

的世界卫生组织(世卫组织)建议，阳性率应保持在3%至12%之间，并必须配合积极的接触者追踪和隔离。美国的检测结果为9%，符合世卫组织的标准，但只有10%的检测结果是与其他成功遏制COVID-19的国家相匹配的。

Illumina一直致力于帮助我们的客户利用下一代测序(NGS)来满足不断增长的检测需求;然而，我们预见到持续的测试不足将直接通过我们的COVID测试服务开始贡献。对于消费者来说，Illumina的COVID测试服务将通过雇主和卫生机构提供，价格与大多数基于pcr的测试基本相同。

使用COVIDSeq测试,我们的测试由FDA根据紧急使用授权授权授权进行，用于检测和诊断新冠病毒-19，我们将在美国开发每天48000次测试的能力。对于大多数阳性样本，还将开发全长SARS-CoV-2序列用于研究目的。除了帮助提高美国的诊断能力，se该服务将产生数千个病毒序列。随着病毒的不断进化和疫苗的临床应用，这一点将变得越来越重要。此外，因为FDA已在NovaSeq 6000测序系统以及NextSeq 500、NextSeq 550和NextSeq 550Dx（RUO模式）上批准了COVIDSeq许多实验室通过CLIA认证，能够进行高复杂度测试，这些系统和实验室还可以提供诊断结果和SARS-CoV-2序列。高容量测序有可能彻底改变公众健康接触追踪和对新冠病毒-19和未来病原体的大流行控制。

那些拥有取得了最大的成功在控制大流行时，及早进行检测、隔离、进行接触者追踪并制定国家社会距离措施s除非可以追踪接触者在发现感染者后的两到三天内有效实施，这些努力可以减缓但不会阻止病毒传播。实时NGS可以在历史上首次实现有效的接触追踪和疫情管理，并突出可能影响诊断和疫苗有效性的病毒变化。

在美国,接触者追踪基本上失败了由于公共卫生基础设施不足，获得诊断测试的机会有限或延迟，以及感染SARS-CoV-2的无症状个体比例相对较高。

随着我们COVID-19检测服务的加强，我们将开始每周生成数千个COVID-19序列。在RADx的部分支持下，这项工作可以纳入公共卫生工作，使大规模的前瞻性基因组监测成为现实。

这些数据可以帮助学校和企业安全开学，并帮助防止未来的疫情爆发。如果将COVID - 19检测服务整合到公共卫生工作中，可以帮助实现国家科学，工程和医学研究院国家大流行应对战略现代化的愿景。

我为我们取得的成就感到骄傲。我们的许多进展使测序变得负担得起、可扩展和准确，使基于ngs的诊断测试，特别是COVIDSeq成为可能。随着我们推出高通量Illumina COVID测试服务和clia认证的实验室采用COVIDSeq，美国将更好地展示这种能力如何控制当前和未来的大流行。

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