2020/02/13
作者:Michael Oberholzer博士和Phil Febbo医学博士
概述
严重急性呼吸综合征冠状病毒SARS-CoV-2
(2019 - ncov)疫情的爆发提醒我们，国际社会必须加强国家和国际规划，以便及早发现和应对未来的疾病爆发。在Illumina，我们将继续确保我们员工的安全，同时鼓励我们的全球员工技能和专业知识作为资源，帮助遏制和控制疫情。此外，Illumina已将我们的技术提供给中国卫生部门，我们准备支持全球范围内的类似应用和策略，以改进检测，并加强我们对SARS-CoV-2的流行病学、进化和毒性的跟踪。
基因排序在病毒爆发中的作用
对新病毒进行测序有助于通过定义病毒基因组序列进行解剖和解释来消除对未知的恐惧。虽然我们在向世界卫生组织(世卫组织)提交第一份SARS-CoV-2报告的头两个月内1现代技术已经确定和描述了病毒的特征，对其全部基因组进行了yobet亚洲排序，并开始描述病毒在短时间内的遗传演变。
- 1月24日，《新英格兰医学杂志》(New England Journal of Medicine)发表了首个SARS-CoV-2基因组。2据我们所知，这是在向世界卫生组织报告首例病例后这么短的时间内，首次公开一种新型感染源的完整基因组。
- 截至2月7日，全球共享所有流感数据倡议(GISAID)和GenBank共享了80多个SARS-CoV-2基因组，这将促进了解新病毒起源、流行病学和传播途径的研究，并促进制定诊断和治疗策略。3.早期了解SARS-CoV-2的基因组，为了解病毒传播的动态和受影响的应对策略提供了前所未有的见解。
今天已知的是什么SARS-CoV-2基因组
在报告后不到60天内，全球科学家就知道了这种病毒的可能来源、它与更好地了解的相关病毒的相似程度，以及可能适用的治疗方法。
对现有基因组信息的分析表明，SARS-CoV-2与一种已知的蝙蝠类sars冠状病毒关系最密切，表明蝙蝠可能是其起源。3、4现有SARS-CoV-2基因组序列之间的低可变性表明，最近在2019年11月至12月期间出现在人群中，并在首次人类感染后迅速发现。3、4相关SARS-CoV-2感染的聚集性表明该病毒在人与人之间传播和进一步进化。基于测序数据的分子建模显示，与相近的蝙蝠冠状病毒(只有75%相同)相比，SARS-CoV-2关键表面蛋白存在多样性，这可能表明了适应人类宿主生活的机制。4这种表面蛋白的多样性也影响了潜在的疫苗策略，因为基于同源表面蛋白的SARS疫苗概念可能对SARS- cov -2无效。5
虽然这还处于疫情早期，但目前还没有治疗SARS-CoV-2的特定药物。在病毒药物靶如蛋白酶和聚合酶中，SARS-CoV-2与相关SARS-CoV之间存在高度的序列保守性。3、6这表明对SARS-CoV蛋白酶和聚合酶有活性的抑制剂可能对SARS-CoV-2中的同源酶有活性。4
史无前例的全球合作来遏制和控制SARS-CoV-2疫情——许多疫情的第一步
SARS-CoV-2基因组序列还使基于聚合酶链反应(PCR)的诊断技术得以发展，可用于前线并用于快速识别受感染的个人。亚博下载app这些测试对患者管理和发病率跟踪都至关重要，因此性能必须非常准确。Illumina此前报道了中国公共卫生部门的努力，他们迅速开发了基于pcr的检测方法，以及基于确认测序的方法，以了解病毒从武汉地区和全国传播。就在上周，美国疾病控制中心(CDC)和食品和药物管理局(FDA)也以同样的速度开展了对SARS-CoV-2的PCR诊断小组的工作。FDA发布了紧急使用授权，允许CDC试剂部署到美国各地的实验室。在欧洲，欧洲疾病控制中心(ECDC)还建议对SARS-CoV-2进行pcr检测。
来自非洲的报告表明，迄今没有SARS-CoV-2阳性病例。然而，缺乏确诊的诊断可能是由于国内检测能力有限，而不是由于病毒的真正流行病学。人们仍然担心通过外籍人员旅行将SARS-CoV-2引入非洲的潜在风险，非洲联盟和非洲疾病控制与预防中心的领导人上周在塞内加尔达喀尔为实验室主任和人员举行了培训会议，以建立非洲大陆的国内能力和能力。
病毒传播和毒性——我们该怎么办?
病毒与人的界面以及SARS-CoV-2的传染性、毒性和传播等病毒特征目前仍知之甚少。根据世界卫生组织2月13日的情况报告在美国，科学家主要依赖中国的报告，中国有46550例确诊病例和1368例死亡。从SARS-CoV-2通过呼吸途径的人际传播、传播速度和对感染者的描述来看，SARS-CoV-2具有很强的传染性。然而，由于我们现有的信息有限，现在就得出这种新型病毒的真正传播性的结论还为时过早。
由于存在高传染性的建议，卫生当局已采取明确行动，在中国各地区限制日常活动，并限制来往中国的旅行。而只有少数病例被报道中国境外的世卫组织(截至2月13日的447例确诊病例)，在许多国家获得SARS-CoV-2检测的途径有限，这可能导致对该病毒的真正流行病学的低估。因此，在未来几周内，随着全球各地的国内检测和监测能力逐步建立，我们将更好地了解疫情的真实规模和范围以及中国以外的区域动态。
同样，我们不能仅使用测序信息就确定SARS-CoV-2的毒性或评估该病毒对单个患者群体的危险程度。根据报告，死亡率约为2%至3%(1369例归因死亡和46,997例确诊感染)，尽管这一数字高度依赖准确的死因归因和报告，并在很大程度上依赖中国官员分享的信息。在中国境外报告的约447宗个案中，我们有两宗死亡个案，一宗在菲律宾，另一宗在香港。因此，要知道这种新病毒对不同的患者群体有多危险，以及合并感染对患者死亡率的作用还为时过早。如果报告准确，似乎SARS-CoV-2可能更类似于我们对年度流感病毒的预期，而不是过去在SARS-CoV爆发中观察到的情况。
了解传染性和毒性的关键是明确知道谁感染了SARS-CoV-2，以及可能存在哪些其他合并感染。鉴于SARS-CoV-2与其他病毒的相似性，以及合并感染的可能性，中国当局正在将测序整合到患者诊断系统中，以确认阳性病例和发现新的突变。Illumina已将我们的技术提供给中国卫生当局，并准备支持全球各地的类似应用，以支持改进检测策略，并加强我们对SARS-CoV-2的流行病学、进化和毒性的跟踪。
结论
虽然我们还处于这次疫情的早期阶段，但我们对这种病毒已经有了很多了解:完整的基因组、与先前描述的病毒的遗传差异、治疗靶点的变化，而且我们开始了解其传播性和毒性。对SARS-CoV-2的快速识别和测序使病毒的特性鉴定和诊断方法的开发成为可能，并初步为全球应对SARS-CoV-2带来了乐观的前景。然而，越来越明显的是，追踪和遏制这种新型病毒的传播将是非常具有挑战性的，因为它通常是“沉默的”性质或临床表现让人想起其他呼吸道感染。由于该病毒现在位于中国湖北省武汉市以外，预计需要新的监测策略，以确定潜在感染群集，以指导干预。在今后几周内，我们将继续更深入地描述这一病毒的特征，并将更好地了解这一流行病的范围和影响。在Illumina，我们随时准备帮助确保获得我们的技术，并帮助我们的全球专家团队支持进一步了解SARS-CoV-2，以限制其传播和危害。
引用:
1.世界卫生组织。新型冠状病毒(2019-nCoV)疫情报告2020年1月21日,
2.朱镕基et al。一种新型冠状病毒来自2019年中国肺炎患者。2020年1月24日
4.Carmine Ceraolo和Federico M Giorgi。新型冠状病毒基因组变异研究。J Med Virol. 2020年2月
5.路等。2019年新型冠状病毒的基因组特征和流行病学:对病毒起源和受体结合的影响。《柳叶刀》。2020年1月30日
6.曾传忠，等。SARS冠状病毒疫苗免疫导致SARS病毒挑战的肺部免疫病理。Plos one 7(8): 10.1371。2020
7.Dessmon Tai。SARS的药物治疗:目前的知识和建议。安医学院新加坡分校。小君,36(6):438 - 43。2007
