2020/10/12
任何地区出现的危险新病原体都是毁灭性的，但当基因组学和生物信息学基础设施不足以识别、监测或减缓其传播时，情况更是如此。在资源有限的环境中，公共卫生官员难以分配诊断或疫苗等贵重医疗商品。非洲需要实时、高保真的信息。病原体基因组的下一代测序（NGS）可以提供这些见解，减轻潜在的生命损失。亚博下载app
虽然基因组测序数据已被用于开发测试、疫苗和治疗方法，以及监测病毒突变，但由于设备的前期成本高、训练有素的实验室人员短缺、数据分析基础设施不足，非洲大陆的测序受到严重限制，相互竞争的公共卫生优先事项给财政能力带来了压力。
NGS提供了一种准确、高效、廉价的方法，可以快速对大量基因组进行排序，并能够追踪可能导致人群疾病爆发的病原体，这种方法称为监测。NGS还可以追踪影响疾病对策（如诊断、治疗和疫苗）的基因变化。亚博下载app
在整个非洲大陆实现基因测序和疾病暴发监测能力方面，Illumina自豪地支持非洲病原体基因组学倡议。
今年春天，只有少数非洲机构对SARS-CoV-2阳性样本进行了测序，以确定流行菌株的特征。作为在中低收入地区实现基因组能力的持续承诺的一部分，Illumina捐赠了价值140万美元的测序系统和相关耗材通过非洲联盟和非洲疾病控制和预防中心（非洲疾病预防控制中心）向非洲成员国发送。
现在，Illumina正在加入一个跨部门合作伙伴关系，以支持非洲疾病预防控制中心病原体基因组学研究所发起非洲病原体基因组学倡议（Africa PGI）。该综合倡议将扩大获得NGS工具和专门知识的机会，目标是加强整个非洲大陆的病原体能力，包括20多个国家的能力建设。Illumina将在四年内捐赠价值约2000万美元的NGS平台、试剂和培训支持。1亿美元的合作伙伴包括美国疾病控制和预防中心、比尔和梅林达盖茨基金会、牛津纳米孔技术、微软等。
Illumina首席医疗官Phil Febbo说：“在非洲大陆实现基因测序和疾病暴发监测能力的过程中，Illumina为支持非洲病原体基因组计划感到自豪。”。“在我们与合作伙伴共同努力加强公共卫生威胁的科学基础的同时，NGS在疫情的各个阶段，从最初的特征描述到病原体监测、疫情管理和大流行后监测，都发挥着关键作用。我很高兴Illumina参与了这项全面的计划，而这项计划将不会改变不仅提供NGS技术，还提供长期可持续性所需的培训计划、数据基础设施和政府支持。”
这项新举措将促进和支持对新冠病毒-19和其他疾病威胁的基本研究和公共卫生对策，包括艾滋病毒/艾滋病、结核病、疟疾、霍乱和其他传染病等地方病。掌握来自非洲大陆这些病原体的基因组信息对于正在进行的对抗抗生素耐药性的努力至关重要，这可能是全球最大的公共健康威胁。该倡议的目的不仅是加速实施病原体监测NGS，还旨在推动可持续性，以确保保持能力。其中一些实验室首次获得NGS能力，该实验室网络将补充2019年由非洲疾病预防控制中心启动的病原体基因组学研究所，以加强整个非洲的病原体基因组学和生物信息学能力。
除了物理实验室网络之外，还将创建一个病原体基因组学培训项目，即NGS学院，为公共卫生机构提供培训和工具，为公共卫生行动和研究人员生成和翻译基因组学数据。这将使他们能够参与并领导传染病基因组学方面的国际合作。
在Illumina，我们相信与研究和资源合作将取得最大的成果。这项捐赠是我们企业社会责任计划的一部分，体现了我们致力于加快基因组学的普及，并不仅通过我们的技术，而且通过我们的行动对人类产生积极影响。
有关非洲病原体基因组学倡议的更多信息，点击这里.
照片：阿德因卡·优素福/伊斯托克
