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微生物ゲノム

NGS帮助研究人员抗击埃博拉病毒

基因组研究使研究人员能够跟踪病毒爆发并了解病毒的快速突变率

NGS帮助研究人员抗击埃博拉病毒
2015/05/14

阻止埃博拉病毒传播的工作需要广泛的专家的投入,包括临床医生、公共卫生工程师和流行病学家。然而,要阻止埃博拉病毒的传播,需要从最基本的层面了解这种病毒。研究人员现在正在使用下一代测序(NGS)平台,如Illumina的HiSeq和MiSeq Systems,以了解病毒的遗传结构。对该病毒感染者样本的深度测序揭示了其许多秘密,包括快速突变率。

Pardis Sabeti博士,哈佛大学计算遗传学家,Christian Happi博士,哈佛大学公共卫生学院传染病客座教授,尼日利亚欧孙州伊德Redeemer大学传染病基因组学非洲卓越中心主任,去年大部分时间都在使用HiSeq系统来了解这种病毒是如何随着时间传播和变化的。

他们的研究结果显示,埃博拉病毒于2004年从其历史上的发源地中非和东非首次传播到西非。当病毒从一个人传播到另一个人,甚至当它在同一个宿主内繁殖时,存在大量的遗传变异。

“当病毒在个体中发生突变时,我们发现了数千个不同的病毒基因快照,而不是一个共识的病毒序列,”萨贝提说。

该研究还显示,这种病毒株可能只从其动物宿主跳到人类一次,但一次溢出事件造成了持续的人际传播链。2014年10月,另一组科学家将埃博拉传播链追溯到几内亚的一名幼儿。

“如果我们看到每一次疫情都是独立的,它们没有基因上的联系,也不来自于同一棵进化树,那么我们可能会认为这些是来自自然宿主的不同感染,是环境不同输入的结果,”萨贝提博士说。“然而,这些疫情在时间上密切相关,接触者追踪支持了这一点。这表明,这只是一个长病毒传播链中的单个事件。”

这些结果证实了追踪接触者对预防疾病传播的重要性。由于病毒没有从环境中不断地重新传入,流行病学家知道,如果他们能阻止人们相互传播病毒,那么他们就能阻止疫情的爆发。

阅读更多关于这一开创性研究的深入采访。

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