2021/03/17
这种流行病是独特的、紧迫的和普遍存在的，因为它是新奇的。了解为什么病原体基因组监测如此重要，以及Illumina技术如何在现在和未来支持这项工作。
2020年以缓慢而稳定的警告开始。武汉传来的隆隆的故事很快就演变成了一片毫无疑问的紧迫感——这是未来一年的信号。到2020年1月，世卫组织意识到武汉爆发了肺炎样病例。一种新的冠状病毒——也会引起普通感冒的病毒——正在出现。随着时间一天一周地过去，这种疾病迅速出现在现场，冲破国界，席卷全球。
Illumina于2019年底被召集到武汉，以帮助上海公共卫生临床中心（SPHCC）P3生物安全实验室研究团队部署Illumina平台，对患者样本进行深度转录组测序。反过来，SPHCC于2020年1月10日发布了第一份Sars-CoV-2病毒基因组。当最早的病人抵达华盛顿州时，人们利用连夜聚合酶链反应检测来确定诊断。
人们意识到，即使在美国，这种病毒也在传播数周、数月，影响着人们的生活，我们仍然不知道它在这里1.．
快进到今天，关于病毒的故事已经曲折地从它的开始进入它的冲突。它让我们陷入了一个突变占主导地位的境地，而监控也在紧追不舍。
我们对新冠病毒监测的兴趣进行了深入的投资，并相信测序可以成为阻止大流行的关键。即便如此，仍有许多工作要做。这些努力正在迅速加速，但截至2021年2月初，美国仅对其0.36%的冠状病毒病例进行了测序和公布2.. 使用Illumina技术，英国和澳大利亚在事态发生得更早，欧盟、新加坡和南美洲的国家也纷纷效仿。
Illumina首席医疗官Phil Febbo博士解释说：“你必须对一定比例的阳性结果进行排序，这样你就不会失明，这样你就可以在变异出现时看到它们。”。“坦率地说，美国远远落后。”3.2021年2月，美国排在第36位th对病毒样本进行基因测序的数量。幸运的是，自那时以来，情况一直在快速发展。
SARS-CoV-2病毒的每一条RNA链包含大约30000个核苷酸。这些核苷酸是决定病毒如何运作、复制和传播的密码。当病毒序列发生变化时，变异会影响病毒的检测方式、传染性以及对疫苗的反应。
据说，B.1.1.7变异和相关的B.1.526变异的发现正在纽约市呈指数级扩散5.要求美国将注意力转向监控。
首席医疗官菲尔·费博（Phil Febbo）一直表示需要监控支持，随着这些新变种的出现，这一呼吁正在被听到。截至2021年2月1日，CDC已与Illumina、Helix和Quest Diagnostics和LabCorp等测试骨干公司续签合同，承诺每周分析6000个病毒基因组亚博下载app2.．这一进展将使目前已完成的病毒测序数量增加近三倍。在过去的一个月里，测序让我们更好地了解了美国境内变异的目录和比例。
与Quest和LabCorp这样的大型诊断实验室以及各州的公共卫生实验室合作，将有助于避免“基因组沙漠”。2.
Charles Chiu, M.D./Ph.D。实验医学和医学教授,加州大学旧金山分校传染病分工和克里斯蒂安·g·安德森,免疫学和微生物学系博士教授斯克里普斯,发现B1.1.7变体抵达美国在11月底已经扩散到30个州的2021年1月。根据这项研究，B1.1.7变异的传染性高出35-45%，每周半增加一倍。接触者追踪显示，即使大多数人没有旅行史，变异仍然在社区中传播。4.
为了应对病毒变异日益增长的威胁，美国政府正在采取行动推进测序和监测。拜登总统于2021年3月11日签署了《美国救援计划法案》。其中包括17.5亿美元的资金，用于CDC提高测序能力和识别病毒突变和传播。要使其发挥作用，必须有：
- 高质量测序，确保准确的病毒基因组和菌株分型
- 快速周转时间–少于5天–使信息对公共卫生响应有用
- 科学界之间的透明度和数据共享
- 对运行测序的实验室的补偿
这些最新发展证实了排序的力量，并强调了提高认识和采用的机会。最初的模型显示，对5%的阳性基因进行测序可能有助于在新变种变得普遍并在社区中传播之前捕获它们6.．然而，由于即将出现的疫苗“逃逸”变异，可能需要更高的比例。
根据我们目前获得的知识，2021年将为病原体测序带来不可估量的动力。产品如克维塞克亮菌™ 测验在SARS-CoV-2突变的检测和鉴定中发挥关键作用。当检测到SARS-CoV-2时，该测试可以提供完整的SARS-CoV-2序列，随着对该病毒测序的需求越来越普遍，总体采用率也越来越高。Illumina COVIDSeq™ 根据食品和药物管理局的紧急使用授权，该测试在美国使用，并根据健康科学局的临时授权在新加坡使用。A.本产品仅限研究使用（RUO）版本在美国以外有吗
抗击SARS-CoV-2的斗争仍在继续。在这场斗争中，全球承诺将公共和私人伙伴关系团结起来，与卫生系统交流，这对于我们如何应对未来的威胁至关重要。时间至关重要，但病原体基因组监测带来了希望。
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