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アグリゲノム

德州农工大学部署DRAGEN

美国第一个农业应用学术机构安装

德州农工大学部署DRAGEN
2019/10/30
德州农工大学农业生命基因组学和生物信息学服务公司(Texas A&M AgriLife Genomics and Bioinformatics Service)即将以数量级的速度分析大量测序数据。Illumina公司的DRAGEN(基因组学动态读取分析)服务器最近已经添加到德州农工农业生命测序中心。新的服务器可以减少计算硬件和数据处理成本,并提供速度和灵活性来优化生物信息学过程,以实现最高质量的结果。

我们很高兴能安装新的DRAGEN服务器,并期待它能解决我们一直面临的许多分析问题。作为Illumina产品的用户,我们认为与市场上的其他产品相比,他们的创新技术水平是前所未有的

公司成立于2010年基因组学和生物信息学服务一直在完成其使命,以改善获得最新的基因组学技术,跨越德州农工大学系统植物和动物研究社区等。该团队已经分析了数千个样本,产生了数百万个测序序列,并成功地管理了由于农业育种周期的季节性而产生的样本提交峰值。这些样品必须快速处理,以便育种者能够及时决定育种计划的进展。

“我们很高兴安装新的DRAGEN服务器,并期待它将解决我们所面临的许多分析问题,”Charles D. Johnson博士说,他是德州农工大学农业生命研究基因组学和生物信息学服务主任。“作为Illumina产品的用户,我们认为与市场上其他产品相比,他们的创新技术水平是前所未有的。”

Illumina DRAGEN Bio-IT平台提供精确、超快速的测序数据二次分析。在最新的版本中,v3.4该平台提高了RNA基因融合检测和定量的准确性和速度,并增加了功能和准确性的增强,以小变异调用和结构变异调用。

DRAGEN对农业客户的初步评估显示,与本地的HPC系统相比,每个处理核针对白灰树基因组进行映射的速度要快177倍,在一个较大的数据集上只需要7分钟,而不是3个小时。比对在水稻基因组上运行,在HPC服务器上大约需要2个小时,但使用DRAGEN只需要3分钟。

Illumina农业市场部门副总监Lisa Eldridge说:“我们与德州农工农业生命公司的合作支持了我们的共同目标,即改善农业社区获得基因组的途径。”“将DRAGEN服务器添加到其工作流程中,将使数据周转更快,并加快研究人员利用这些数据推进关键研究的能力。”

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