ISEQ的力量和可移植性

美国陆军传染病医学研究所(USAMRIID)的迈克·威利(Mike Wiley)和凯瑟琳·普拉特(Catherine Pratt)将他们的iSeq装进一个Pelican箱，以及其他8个装实验室设备的手提箱，然后从埃塞俄比亚飞往刚果民主共和国的金沙萨。由于刚果民主共和国正在经历埃博拉病毒疾病(EVD)的爆发，人们正以惊人的速度死亡，已经没有时间了。威利没有运送测序器，让它在海关耽搁，而是耐心地等着狗嗅他的流动实验室，对他的试剂和消耗品产生特别的兴趣。他经过机场，在到达后的几个小时内，在国家研究院(Biomédical)总干事Jean-Jacques Muyembe博士的领导下，建立了一个功能齐全的测序设施。他插入iSeq，进行了一次系统检查，然后立即开始处理样本。

除了几次实验室断电外，iSeq正在全力运行，使用目标富集策略进行端到端下一代测序(NGS)反应，该策略结合链RNA-seq制备，然后进行溶液内杂交富集反应。测序工作进行时，Catherine Pratt正在培训当地科学家正确的测序技术和协议。所有这些工作都获得了高质量、准确的数据，以描述导致EVD暴发的菌株。

2018年5月，在Équateur省的Bikoro卫生区发现了首例EVD病例。到7月，在Bikoro、Iboko和Wangata三个地区有54人被感染，33人失去了生命。在7月的高潮，每个人都松了一口气，疫情结束了，来自国外的应急人员开始收拾行李离开金沙萨。仅仅一周后，即8月1日，在距离Équateur省以东2000公里的北基伍地区发现了第二次疫情。

INRB新建立的实地测序能力受到了考验，使其能够迅速应对新的疫情。Muyemebe博士和他的团队能够在收到样本的4天内生成可操作的数据。数据表明，北基伍省的疫情与最近在Équateur省的疫情无关。

iSeq提供了及时、关键的信息:病毒株得到了验证，这些信息帮助科学家们确定应对疫情的下一步行动。iSeq提供的高质量和准确的测序数据，结合广泛的流行病学调查结果，使当地科学家能够分析传播模式并追踪暴发的起源。Illumina技术的加入有助于有效应对这一公共卫生危机。

Wiley的目标是在整个非洲建立一个由训练有素的科学家组成的网络，以便能够在当地迅速地对公共卫生流行病作出反应。“新的现实是，你不需要把样本送到昂贵的基因组中心来进行这项工作;测序的范围已经大大扩大。处理样品的协议和试剂更友好的用户和测序仪更便携。所有这些都有助于更快地生成数据和结果，并使NGS成为应对疫情的另一种工具。”

至于Illumina公司，我们很自豪能在非洲各地支持这些项目，建立测序器，解锁人类(和病毒)基因组，以改善健康。

*本文所载的资料并不一定反映政府的立场或政策，亦不能推断出任何官方认可。