微生物转录组

微生物转录组和元转录组信息对于预测对特定抗生素的耐药性、了解宿主和病原体的免疫相互作用、量化基因表达变化和跟踪疾病进展非常重要。细菌、病毒和其他微生物的下一代RNA测序(RNA- seq)已成为分析转录组和元转录组信息的标准方法。

转录组是由生物体基因组编码的一组完整的rna。metatscriptomes包含复杂样本中由一组生物体编码的所有rna。

细菌、病毒和其他微生物RNA-Seq实验能够注释和定量全面的微生物转录本。提取细胞RNA并转化为cDNA，用于制备测序库。然后序列读取被映射回参考基因组，提供诸如外显子连接和剪接位点等特征的定性信息，以及可以在许多实验集中进行比较的定量转录数据。

与微阵列等基于杂交的方法不同，RNA-Seq能够对常见和新的转录本进行无偏链特异性识别。广泛的动态范围使得在单个细菌、病毒或其他微生物RNA-Seq实验中可以确定高表达和低表达的基因。多个样品可以用适合自动化的流线型工作流程一次处理。