微生物の全ゲノムシーケンス
微生物の全ゲノムシーケンスは、新規微生物のゲノムのマッピング、既知微生物のゲノムフィニッシング、または複数のサンプルにわたってゲノムを比較するための重要なツールです。また、全ゲノムシーケンスは、正確なレファレンスゲノムの生成、微生物同定および他の比較ゲノム研究にとって重要です。
キャピラリーシーケンスや聚合酶链反应をベースとするアプローチとは異なり、次世代シーケンサー（NGS）は、そのマルチプレックスの威力で、微生物学研究者が何百もの微生物をシーケンスするのを可能にします。従来の方法と異なり、次世代シーケンサーは、労力のかかるクローニングステップに頼ることなく、時間を節約してワークフローを簡素化します。次世代シーケンサーは、他の手法では見逃されるか、コストが膨大になり同定できないような低頻度多型およびゲノム再編成を同定することができます。
从头微生物ゲノムシーケンス
全ゲノムシーケンスとは、ゲノムレファレンスを用いずにゲノムをアセンブルすることであり、多くは新規微生物ゲノムのシーケンスに用いられます。イルミナのシーケンサーは、高品質なドラフトおよび完全な微生物ゲノムアセンブリーのために、比類のない生のリード精度、リード長およびリード深度を提供します。
微生物の全ゲノムリシーケンス
全ゲノムリシーケンスでは、微生物の全ゲノムをシーケンスして、そのシーケンスを既知のレファレンスのものと比較します。迅速かつ正確なシーケンス情報を産出することは、低頻度変異の検出、重要な欠失および挿入の発見、ならびに微生物株間における他の遺伝的変化の発見に不可欠です。
微生物全ゲノムシーケンスワークフローおよび製品のご提案
こうした実験を行うには多くの手法がありますが、それらの手法はワークフローのステップごとに製品としてご提案することができます。
以下のをクリックしてワークフローの各ステップで利用できる製品をご覧ください。
快速提取細菌脱氧核糖核酸抽出キット
グラム陽性菌およびグラム陰性菌から脱氧核糖核酸を抽出する簡便な方法。
主纯全DNA和RNA精製キット
あらゆるタイプの生物物質からの無処置全核酸（TNA）、DNAまたは核糖核酸の効果的な精製を可能にします。
下一对配偶サンプル調製キット
ゲルを必要としない手法であり、低い脱氧核糖核酸インプットで最高12 kbのライブラリーを調製します。この手法は、从头シーケンス、ゲノムフィニッシングおよび構造上の変異検出にとって理想的です。
下一代サンプル調製キット小さなゲノム（細菌、古細菌、ウイルス）、アンプリコンおよびプラスミドを対象とするシーケンスが即可能なライブラリーであり、ワークフローは90分以内（ハンズオンタイム15分）に終了します。
TruSeq-DNA-PCRフリーサンプル調製キット
シンプルで、ゲルを必要としない短いワークフロー、最も難しい領域をシーケンスする能力、および全ゲノムシーケンスアプリケーションのための最大量の多型を同定する力のすべてを兼ね備えたサンプル調製です。
米塞克システム
MiSeq v3試薬キット
最高出力15GBの使いやすいベンチトップ型シーケンサーおよび試薬
NextSeq 500NextSeq桌面测序系统是第一个也是唯一一个提供外显子组、转录组和全基因组测序的桌面测序器。
米塞克记者
各サンプルに関する品質およびカバレッジの情報のみならず、一次および二次解析データは、シンプルかつ直観的なグラフィック形式でご利用できます 德纳斯塔·塞克曼·恩根(基地空间でご利用可能） 細菌ゲノムシーケンスの从头アセンブリ
SPAdes基因组汇编程序BaseSpace应用程序用于组装微生物基因组序列的在线生物信息学工具。
组装新细菌BaseSpace App
DNASTAR SeqMan NGen执行细菌基因组序列的从头组装。
統合型ゲノミクスビューワー（IGV）
複雑な多型解析を行うために,多くのサンプル由来のアラインメントおよび多型を表示する強力なゲノムブラウザー。
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追加リソース
参考文献
- Köser CU，Bryant JM，Becq J，TöröK ME，Ellington MJ等。（2013）结核分枝杆菌快速敏感性试验的全基因组测序。英国医学杂志369（3）：290-2。
- Harrison EM, Paterson GK, Holden MT, Larsen J, Stegger M, et al.(2013)全基因组测序确定了MRSA分离物与新的mecA同源物mecC的人畜共患病传播。欧洲医学杂志5(4):509-15。
- Kato-Maeda M, Ho C, Passarelli B, Banaei N, Grinsdale et al.(2013)利用全基因组测序确定暴发期间结核分枝杆菌的微进化。《公共科学图书馆•综合》8 (3):e58235。