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在给定的复杂样本中，对存在于所有生物体中的所有基因进行全面取样，以评估细菌多样性和检测不可培养的微生物。
利用微生物全基因组测序来绘制新生物的基因组，完成已知生物的基因组，或在多个样本中比较基因组。
RNA测序（RNA Seq）为分析和量化细菌、病毒和其他微生物转录物提供了一种无偏见的方法。