这种基于扩增子的下一代测序(NGS)分析旨在帮助临床研究实验室识别新的SARS-CoV-2菌株。它包括2019个nCoV引物,用于检测SARS-CoV-2病毒的突变和RNA特征。
Illumina COVIDSeq分析可容纳少量样本。该工作流程包括病毒RNA提取、RNA转化为cDNA、PCR、文库制备、测序、分析和报告生成等步骤。
该分析利用了公开的ARTIC多重PCR协议的改进版本,98个扩增子设计用于扩增SARS-CoV-2病毒特异性序列,并结合经验证的Illumina测序技术。PCR步骤的63°C退火温度改进了变异分析,提供了对SARS-CoV-2 stra的重要见解在样品中存在。
将一致序列信息(FASTA文件)上传到开放软件工具中,以分配谱系和注释突变。为了更加方便,可通过BaseSpace Sequencing Hub将文件直接上传至NCBI和/或GISAID应用程序。
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