TruSight Oncology UMI试剂可降低测序数据中的背景噪声,从而能够检测低频变异,如在无细胞DNA(cfDNA)中发现的变异。
循环肿瘤DNA(ctDNA)可能代表cfDNA的一小部分,接近下一代测序(NGS)的检测极限。TruSight Oncology UMI试剂通过UMIs和纠错软件解决这一挑战,将错误率降低到<0.007%,并能够检测低频变异。较低的错误率增加了分析特异性,从而提高了NGS数据的可信度。
TruSight肿瘤UMI试剂包括UMI适配器和指标,加上TruSight肿瘤DNA库准备和富集试剂。这些试剂也可以与TruSight Tumor 170 DNA寡聚体配对。集成ui不会在库准备工作流程中创建任何额外的步骤。
UMI纠错应用程序对齐读取,然后使用UMI排除误报,从而减少各种调用错误。UMI纠错应用程序可在基于云的BaseSpace Sequence Hub中使用,也可在本地安装。
顺序运行 | 平均错误率(未压缩读取) | 平均错误率(折叠读取) |
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1 | 0.038% | 0.0023% |
2 | 0.043% | 0.0024% |
3. | 0.035% | 0.0024% |
4 | 0.084% | 0.0019% |
使用TruSight Oncology UMI试剂和TruSight Tumor 170 DNA分析中的DNA含量进行文库制备,并在HiSeq 4000系统上的四次独立测序运行中分配31个样本。使用UMI错误校正应用程序显示有无折叠读取的平均错误率。
技术说明| PDF<1 MB
使用TruSight肿瘤170和TruSight UMI工具包检测cfDNA中的低频变异
应用笔记| PDF2 MB
使用TruSight肿瘤UMI试剂检测无细胞DNA中的低频变异
应用笔记| PDF2 MB
数据表| PDF<1 MB
*NovaSeq 6000系统的性能已得到验证,但未进行广泛测试。