Illumina Dragen Bio-IT平台

Illumina DRAGEN (Dynamic Read Analysis for GENomics) Bio-IT平台提供精确、超快速的二级基因组测序数据分析。阅读更多…
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本地服务器

Illumina DRAGEN服务器v3

20040619.

価格

Dragen Server LVL 1 1年许可证

20060397

DRAGEN服务器2级1年许可证

20060398

DRAGEN服务器Lvl 3 1年许可证

20060399

DRAGEN服务器Lvl 4 1年许可证

20060400

DRAGEN服务器Lvl 5 1年许可证

20060401


云:亚马逊Web服务

DRAGEN AWS 11级1年许可证

20060402

DRAGEN AWS Lvl 2 1年许可证

20060403

DRAGEN AWS Lvl 3 1年许可证

20060404

DRAGEN AWS Lvl 4 1年许可证

20060405

DRAGEN AWS 5级1年许可证

20060406


云:微软Azure

龙腾Azure 11级1年许可证

20060407

龙腾Azure 2级1年许可证

20060408

龙腾Azure 3级1年许可证

20060409

龙腾Azure 4级1年许可证

20060410

龙腾Azure 5级1年许可证

20060411

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合計:

製品のハイライト

Illumina DRAGEN生物it平台提供:
  • 准确的数据:检测小变异具有高的分析灵敏度和特异性1
  • 无损压缩基因组:使用DRADREN ORA(原始读取档案)无损压缩减少FASTQ文件大小最多5倍
  • 鲁棒速度:在大约25分钟内以30倍覆盖范围处理整个人类基因组2,3
  • 频繁的发布:包括常规增强和升级的版本
  • 各种应用程序:分析来自全基因组,外孔和RNA的下一代测序(NGS)数据

Illumina DRAGEN Bio-IT平台和BaseSpace Sequence Hub上的数据提交应用也支持SARS-CoV-2数据工具包。亚博官网人口

DRAGEN祭

Illumina Connected Analytics上的DRAGEN

DRAGEN在BaseSpace序列集线器

DRADEN-PREVISE服务器



DRAGEN对NextSeq 1000/2000

龙腾多云带来您自己的许可证

AWS Marketplace上的DRAGEN

超快速二次基因组分析

DRADREN平台可以在前提下的30分钟内为整个人类基因组处理NGS数据,在前提下,与传统的基于CPU为基于CPU的系统,在50分钟内约25分钟。它为基因组数据分析设定了两个世界速度记录。2,3

经济高效的解决方案

当在Illumina的Basespace序列集线器或Illumina连接的分析上运行时,30x基因组的分析为〜5美元/样品,并且100倍覆盖范围为3美元/份样品。

高度准确的结果

在2020年precision onfda Truth Challenge V2中,DRAGEN赢得了Illumina测序数据上的Difficult to Map Regions和All Benchmark Regions。1

不同的应用程序

DRAGEN平台分析各种实验类型的测序数据,包括全基因组、全外显子、种系和体细胞数据集,以及RNA测序实验。

无损压缩基因组

DRAGEN ORA (Original Read Archive)压缩技术是为FASTQ文件的高压缩比而优化的,以及快速压缩和解压,同时保持数据完整性。

频繁的更新

频繁发布的版本不断扩展和完善DRAGEN平台,同时适应新的应用和不断发展的行业标准。DRAGEN更新是版本控制的,用户可以根据需要选择是否使用新的更新。

Dragen赢得了PrecisionFDA真理挑战v2的关键类别

Illumina DRAGEN团队激动地宣布在Illumina测序数据的难绘制区域和所有基准区域中获得最佳表现。这次胜利标志着主要新功能的开始,这些功能将得到改进,包括结构变体、拷贝数变体和重复扩展。我们的成功表明,我们现在可以更准确地调用变异,而不是在难以绘制的区域。

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DRAGEN平台使各种规模和学科的实验室能够对他们的基因组数据做更多的工作。DRAGEN平台使用高度可重构现场可编程门阵列技术(FPGA),提供基因组分析算法的硬件加速实现,如BCL转换、映射、对齐、排序、重复标记和单倍型变体调用。DRAGEN ORA无损基因组压缩技术可以显著节省FASTQ文件的存储成本。DRAGEN平台的基本特性解决了基因组分析的共同挑战,如冗长的计算时间和大量的数据。

在准确性不打折扣的情况下,DRAGEN平台提供了快速、灵活和成本效益。DRAGEN平台的可编程特性使Illumina能够开发自定义算法,并允许改进以适应未来的应用。

关键DRAGEN应用程序

DRADEN-PREVISE服务器 BaseSpace Illumina公司联系分析 NextSeq 1000/2000 多云带来自己的许可证
多路分解(BCL转换)
无损基因组压缩
地图和对齐
全基因组(种系和体细胞) 生殖系只
exome浓缩(种系和体细胞)
COVIDSeq
RNA病原体检测
RNA-Seq(基因融合与定量)
单细胞RNA
联合基因分型
甲基化
TSO 500液体
宏基因组
管道 描述 变体类型检测 度量提供了
DRAGEN多路分解 NGS分析的快速解复用 N/A N/A
拖拉压缩 DRAGEN ORA压缩是为FASTQ文件的高压缩比优化,以及快速压缩和解压,同时保持数据完整性。 N/A
  • 压缩比
  • 运行时
拖动地图+对齐 龙腾地图+对齐可以作为一个独立的或作为龙腾管道套件的一部分运行 N/A
  • 映射指标
  • 时间指标
  • 覆盖率度量
DRAGEN生殖系 DRAGEN Germline Pipeline提供端到端NGS分析,包括先进的误差模型校准,以提高准确性,并通过Illumina expansion Hunter重复扩增检测和基因分型。
  • SNV
  • CNV
  • SV
  • 重复扩张
  • 映射指标
  • 时间指标
  • 覆盖率度量
  • 变异指标
  • Callability报告
DRAGEN体细胞 DRAGEN体细胞管道包括纯肿瘤和肿瘤正常模式,设计用于检测肿瘤样本中的体细胞变异。这两种模式都没有做出倍性假设,从而可以检测低频等位基因。
  • SNV
  • CNV
  • SV
  • TMB.
  • MSI
  • HLA
  • 映射指标
  • 时间指标
  • 覆盖率度量
  • 变异指标
  • Callability报告
DRAGEN浓缩 DRAGEN富集管道将DRAGEN的种系和体细胞调用者结合到一个专门用于分析富集样品的管道中。包括一套完整的浓缩指标和报告。
  • SNV
  • CNV
  • SV
  • 映射指标
  • 时间指标
  • 覆盖率度量
  • 变异指标
  • Callability报告
拖拉机 DRAGEN RNA Pipeline执行转录组分析,从剪接连接发现和比对开始,然后是快速比对和剪接连接定位和定量。对于差分表达式,Illumina推荐使用BaseSpace Sequence Hub上的DRAGEN差分表达式应用程序。
  • 基因融合
  • 映射指标
  • 时间指标
  • 覆盖率度量
  • 变异指标
  • Callability报告
DRAGEN单细胞RNA 拖拉单细胞RNA管线进行多路分解,细胞条形码和UMI误差校正,序列对准和基因表达的定量。 N/A
  • 映射指标
  • 时间指标
  • 覆盖率度量
  • Callability报告
  • 细胞指标
拖动联合基因分型 拖曳联合基因分型/人口流水线呼叫在多个基因组中共同地呼叫变体,并以不妥协的精度在加速速度下缩小样本的大型队列。
  • SNV
  • CNV
  • SV
  • 重复扩张
  • 映射指标
  • 时间指标
  • 覆盖率度量
  • 变异指标
  • Callability报告
DRAGEN甲基化 拖拉甲基化管线进行对准,甲基呼叫,并计算对准和甲基化度量。 N/A
  • 映射指标
  • 时间指标
  • 覆盖率度量
  • 变异指标
  • Callability报告
DRAGEN参考构建器 接受FASTA文件,并构建DRAGEN应用程序使用的专有引用。 N/A N/A
DRAGEN TruSight Oncology 500 ctDNA分析软件 二级分析支持Illumina公司的TruSight Oncology 500 ctDNA。仅在本地DRAGEN服务器上可用(版本3)
  • SNV
  • CNV
  • DNA Fusions.
  • MSI
  • TMB.
  • 映射指标
  • 时间指标
  • 覆盖率度量
  • 变异指标
  • Callability报告

Alexander Bisignano,磷的联合创始人和首席执行官,讨论了该公司如何使用DRAGEN生物it平台在现场执行基因组数据分析,并在一个可访问的价格点。

阅读面试
SARS-COV-2 NGS数据工具包

Illumina通过一个免费的集成软件工具包,使研究人员更容易检测和识别SARS-CoV-2,并将他们的发现贡献给社区。

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SARS-COV-2 NGS数据工具包

在BaseSpace Sequence Hub或Illumina Connected Analytics上的DRAGEN将DRAGEN平台的速度和准确性与我们的软件平台的安全性、成本节约和直观的界面结合起来。

  • 用于不同专业知识的按钮分析
  • 数据流直接从仪器快速分析
  • 低成本没有硬件投资
  • 利用BaseSpace Sequence Hub和Amazon Web Services (AWS)的安全性、遵从性和存储特性

yobet亚洲了解BaseSpace Sequence Hub

yobet亚洲了解Illumina Connected Analytics

DRAGEN在BaseSpace序列集线器

与传统的基于cpu的系统相比,DRAGEN内部进行二次分析的时间更短,同时仍然保持较高的准确性。

  • 本地分析和存储数据
  • 支持不同级别的命令行接口
  • 最多可替换30个传统计算实例
  • 在25分钟内处理30倍覆盖的整个人类基因组的NGS数据
  • 一个单元支持全部运行的两个Novaseq 6000系统

读取数据表

拖着上提

龙腾生物it平台为二次分析提供了超快速、准确的解决方案。

  • 获取选择DRAGEN信息管道
  • 允许用户在短短两小时内生成结果
  • 为各种基因组分析解决方案提供优化的硬件加速算法,包括BCL转换、映射、比对、排序、重复标记和变体调用
  • 使用流水线算法减少对外部信息学专家的依赖

读取数据表

AWS和Azure上的DRAGEN可以让你在首选云上的虚拟映像中访问DRAGEN软件。

  • 使用与DRAGEN本地服务器相同的软件和命令行选项(不包括TSO 500管道)
  • 适用于寻求将Dren管道集成到其现有云环境中的高级用户
拖着上提
查看视频
龙根- gatk最佳实践网络研讨会:深入探讨基因组分析管道的改进

在本次网络研讨会中,布罗德研究所的Eric Banks描述了在研究DRAGEN和GATK工具之间的差异时遇到的一些问题,并强调了在新的最佳实践管道中实施的方法的改进。

您还将了解团队如何评估管yobet亚洲道的开源版本和许可(硬件加速)版本之间的功能等效性,显示相同源输入上两种方法之间的结果。

查看网络研讨会录音

GeneDx从外显子到基因组使用DRAGEN

利用DRAGEN, GeneDx现在能够在保持低成本、短周转时间和高准确性的同时发展其业务。

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雷迪儿童医院

一项吉尼斯世界纪录诞生了最快的基因诊断在19.5小时。DRAGEN平台可显著提高测序后基因组数据的定位和比对速度。1

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邢癌症治疗

看看Basespace Sequence Hub和DRAGEN是如何简化本实验室的NGS数据分析的。

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人口测序

快速分析测序的基因组;随着计算工具的不断改进,加速再分析。

新生儿重症监护室和遗传病研究

减少基因组分析所需的时间,因为快速的结果可能是一个关键因素。

癌症研究

准确、快速分析肿瘤样本和肿瘤/正常样本。

Agrigenomics

利用所提供的参考资料,分析不同基因组复杂性的动植物。

临床和转化研究

快速、高精度地分析有针对性的外显子组数据,以确保重现性和高质量的结果。

参考文献
  1. PrecisionFDA真相挑战V2:在难以绘制地图的区域调用来自短读和长读的变体。precision.fda.gov /挑战/ 10.访问了2020年11月3日。
  2. 生物世界。费城儿童医院,艾迪克创造了二次分析速度的世界纪录。2017年10月23日。www.bio-itworld.com/2017/10/23/childrens-hospital-of-philadelphia-edico-set-world-record-for-secondary-analysis-speed.aspx.已于2018年9月19日生效。
  3. 圣地亚哥联合论坛报。雷迪儿童研究所创造了吉尼斯世界纪录。2018年2月12日。www.sandiegouniontribune.com/news/health/sd -不-拉迪-记录- 20180209 - story.html.已于2018年9月19日生效。

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