英飞纳姆MethylationEPIC工具包

英飞纳姆MethylationEPIC BeadChip工具包を用いると,ヌクレオチド単位の解像度でゲノム全体にわたり85年万箇所を超えるメチル化部位を定量的に調べることができます。FFPEを含む複数のサンプルを同時に解析して,サンプルあたりのコストを最小限に抑えながら高いハイスループットを達成できます。

英高清アレイテクノロジーにより,メチル化DNAキャプチャー法に伴うことの多いバイアスに関連する制限を受けることなくコンテンツの選択が可能です。これにより,メチロームでパンエンハンサーとコーディング領域を俯瞰できるため,ヒトのさまざまな組織を対象とするエピゲノムワイド関連解析で使用することができます。

包括的なゲノムワイドカバレッジ

このキットには,メチル化の専門家から求められる以下のコンテンツカテゴリーが含まれます。

• CpGアイランド以外のCpG部位
• ヒト幹細胞で見られる非CpGメチル化部位(CHH部位)
• 正常細胞との比較で腫瘍中に見られる差異的メチル化部位
• FANTOM5エンハンサー
• 编码オープンクロマチンおよびエンハンサー
• DNase高感受性部位
• micrornaプロモーター領域
• 90%を超えるコンテンツがIllumina公司HumanMethylation450K BeadChipと重複

統合解析ソフトウェア

MethylationEPICのデータ解析はGenomeStudioメチル化モジュールにサポートされています。GenomeStudioソフトウェアにより,小規模研究で差異的メチル化解析を手軽に実施できます。このソフトウェアの特徴である高度な可視化ツールにより,大量のデータをヒートマップ,散布図,折れ線グラフなどを1つの図で表示できます。

これらのツールとGenomeStudio基因组浏览器には,染色体構造,GC %, CpGアイランド中の位置,メチル化β値などの重要な情報が表示されます。

大規模研究用に,ソフトウェフレームワークR上で使用できる多数の解析パッケージが無料で提供されており,ノーマライゼーションやメチル化データの差異的解析を実施できます。こちらのビデオでは,これらのデータ解析パッケージの使用について説明されています。