HLA区域是基因组中多态性最密集的区域。由于HLA基因和假基因之间的高度同源性、密集的变异性以及人群中数千个HLA等位基因的表征性差,HLA基因的测序曾经是出了名的困难。
利用Illumina合成测序技术(SBS)的NGS技术克服了这些挑战,能够简单、高质量地分析HLA关键基因。高精确和稳健的Illumina测序合成(SBS)化学是世界上最成功和广泛采用的NGS技术
在原理上,NGS与Sanger(毛细管电泳)测序相似。DNA片段的碱基顺序地从发出的信号中识别,因为每个片段是由DNA模板链重新合成的。NGS扩展了这一过程;数以百万计的反应以巨大的平行方式发生。这一进展使大段DNA(如HLA区域)的快速测序成为可能。
Illumina NGS技术支持成对端测序,这是一个独特的特征,对成功、明确的HLA分型至关重要。测序库DNA片段的末端可以产生高质量的碱基呼叫。两个读码之间的物理联系(源自相同的克隆扩增文库DNA片段)允许在每个读码对中发现的变异关联。成对读取之间的距离随着随机库片段生成过程的结果而变化,允许2个变体的阶段的直接分辨率。
的TruSight HLA v2测序面板(最初由Illumina开发,现在提供CareDx)能够在一次检测中,通过单一的工作流程、单一的仪器,同时对数十个样品进行分型,实现对11个位点的分型。在每个位点解决每个样本的歧义的日子已经一去不复返了;TruSight HLA首次提供超高分辨率分型结果。
*数据计算在文件上。yobet亚洲Illumina公司有限公司,2015年版