NGS和qPCR的区别
当比较下一代测序(NGS)和qPCR技术时，关键的区别是发现能力。两者都具有高灵敏度和可靠的变异检测，而qPCR只能检测已知序列。相反，NGS是一种无假设的方法，不需要序列信息的先验知识。NGS提供了更高的发现能力，以检测新的基因和更高的灵敏度，以量化罕见的变异和转录本。
NGS和qPCR技术在可扩展性和产量方面也有所不同。虽然qPCR对低目标数量是有效的，但工作流程可能是繁琐的多目标。NGS对于有许多目标或样品的研究更可取。一个单一的NGS实验可以用单碱基分辨率识别出数千个目标区域的变异。
选择靶向NGS vs. qPCR
探索每种方法的优点和局限性，以了解哪种方法最适合您的需求。
NGS与qPCR:一个详细的比较
| qPCR | 有针对性的门店 | |
|---|---|---|
| 好处 |
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| 挑战 |
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＊发现能力是识别新变体的能力。
“很明显，基因关联研究在识别变异方面是多么的模棱两可。他们更像是钓鱼探险。我们意识到，NGS将使我们能够同时观察更大的基因组部分。”
琳达·s·佩斯卡特洛博士
康涅狄格大学运动机能学杰出教授
RNA-Seq与qPCR的优势
虽然qRT-PCR可以定量检测少数基因的表达，但它只能检测已知的序列。相比之下，使用NGS的RNA测序(RNA- seq)可以检测已知和新的转录本。因为RNA-Seq不需要预先设计的探针，数据集是无偏的，允许无假设的实验设计。
对于读取计数方法，如基因表达谱分析，NGS的数字特性允许几乎无限的动态范围。RNA-Seq量化与参考序列对齐的单个序列reads，产生绝对而不是相对的表达值。这种广泛的动态范围可以检测到细微的变化，低至10%。除了定量基因表达，RNA- seq还可以识别新的转录本、选择性剪接异构体、剪接位点和小的非编码RNA。1、2
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何时使用NGS vs. qPCR?
NGS和qPCR的选择取决于几个因素，包括样本数量、目标区域的总序列量、预算考虑和研究目标。当目标区域的数量较低(≤20个目标)和研究目标限于筛选或识别已知变异时，qPCR通常是一个很好的选择。否则，NGS更可能满足您的需求。由于能够同时对多个样本中的多个基因进行测序，与传统的迭代方法相比，靶向NGS方法节省了时间和资源。NGS还提供了更高的发现能力，能够检测到新颖的变体。
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参考文献
- 米洛斯总理奥兹索拉克。rna测序:进展、挑战与机遇．Nat牧师麝猫。2011; 12:87 - 98。
- 王志，Gerstein M, Snyder M。RNA-Seq:转录组学的革命性工具。Nat牧师麝猫。2009; 10:57 - 63。