Illumina测序文件格式
许多选项可用于将数据转换为兼容的序列文件格式，如FASTQ文件，并用于序列数据的下游分析。Illumina定序器的设计使数据可以轻松地流进BaseSpace Sequence Hub，用于基于云的数据管理、分析和协作。
内部选项也可用。对于对其他数据分析选项感兴趣的用户，原始数据文件以兼容或易于转换的序列文件格式提供，以便与其他软件平台使用。
FASTQ序列文件格式
FASTQ是一种基于文本的序列数据文件格式，它存储原始序列数据和质量分数。FASTQ文件已成为存储Illumina测序系统NGS数据的标准格式，可作为多种二次数据分析解决方案的输入。
MiniSeq和MiSeq测序系统提供自动将数据从BCL转换为FASTQ格式的选项，因此不需要单独的转换软件。
FASTQ ORA序列文件格式
FASTQ ORA是一种基于文本的FASTQ排序数据文件格式的二进制压缩文件格式。fastq。Ora文件比对应的fastq.gz文件小5倍，而不影响数据完整性。所有fastq。Ora文件可以使用免费的解压软件读取在这里．安装完成后，可以使用一个简单的命令将解压缩的输出直接管道输送到各种流行的映射工具中，如BWA、1明星,2和领结。3.
yobet亚洲亚博官网人口了解更多关于FASTQ文件BCL序列文件格式
二进制基本调用(BCL)序列文件格式需要转换为FASTQ格式，以供用户开发或第三方数据分析工具使用。NextSeq、HiSeq和NovaSeq测序系统生成BCL格式的原始数据文件。
的DRAGEN看到你的平台作为其管道套件的一部分，提供快速的BCL转换到FASTQ文件。
Illumina还提供bcl2fastq转换软件将BCL文件转换为FASTQ文件。bcl2fastq是一个独立的转换软件解决方案，分解数据，并将BCL文件转换为标准的FASTQ文件格式，用于下游分析。
其他序列文件格式
FASTQ文件是排序数据分析的典型起始格式。然而,基空间序列集线器可以创建二级和三级分析程序常见的其他文件格式。
在NGS数据的二级或三级分析期间，作为分析工作流程的一部分，BaseSpace Information Suite中的软件平台和应用程序通常会将原始序列文件从FASTQ文件转换为其他序列文件格式（即，.vcf，.bam）。
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额外的资源
工具书类
- 基于burrowwheeler变换的快速、准确的短读对齐。生物信息学。2009年7月15日;25(14): 1754 - 1760。
- 杜宾等。STAR:超快通用rna测序仪。生物信息学。2013年1月;29(1): 15至21。
- 兰米德等。短DNA序列与人类基因组的超快和记忆效率比对。基因组生物学2009 10:R25