Illumina SARS-Cov-2 NGS数据工具包
| 小说病原体检测 |  |
DRAGEN宏基因组的应用 | ||
|---|---|---|---|---|
| 检测和监控 |  |
DRAGEN RNA病原体检测应用程序 |  |
DRAGEN COVID天堂App |
| 共享和协作 |  |
SRA进口程序 |  |
GISAID提交应用程序 |
| Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包可在BaseSpace Sequence Hub上获得。 | ||||
关于Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包
用于SARS-CoV-2检测和监测的冠状病毒软件分析解决方案套装免费开放BaseSpace序列中心它由亚马逊网络服务(AWS)提供支持。该工具包由几个构建在Illumina DRAGEN生物IT平台，以及BaseSpace Sequence Hub上的数据提交应用程序，这些应用程序使研究人员能够无缝地将他们的研究结果提交到公共数据库。
DRAGEN冠状病毒软件工具
Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包利用DRAGEN的速度和准确性，加快传染病监测和疫情应对。该工具包包括用于识别新型传染病病原体的DRAGEN宏基因组管道，用于检测病毒病原体的DRAGEN RNA病原体管道，以及用于检测SARS-CoV-2突变的DRAGEN Lineage应用程序。可以通过BaseSpace Sequence Hub访问DRAGEN冠状病毒工具。关于德拉肯平台的冠状病毒检测和监测的更多信息可在这篇软件博客.
用于检测和监测病毒病原体的DRAGEN RNA病原体检测管道
一个更新版本的DRAGEN RNA管道现在可用来加速病毒病原体的检测。该管道有助于在任何运行的DRAGEN RNA-Seq管道中检测SARS-CoV-2，无论应用程序如何。这个管道包括:
- 全面检测，利用覆盖和基于k-mer的方法检测病毒病原体
- 与Illumina呼吸道病毒靶标的兼容性富集工作流程
- 结合人类基因组参照(hg38)和选定的病毒参照序列，进行人类和病毒参照
- 集成的FASTA生成用于上传到公共数据库，如GISAID
DRAGEN COVID天堂App
该应用程序将读取的数据与SARS-CoV-2参考基因组进行比对，并报告目标区域的覆盖情况。它执行:
- 基于K-mer检测
- 调用Map /对齐,变体
- 一致序列生成
- 利用穿山甲和nextcliade进行谱系/分支分析
冠状病毒临床应用软件
对于希望生成SARS-CoV-2检测临床报告以诊断有症状患者COVID-19的用户，DRAGEN COVIDSeq检测管道与Illumina公司COVIDSeq测试。
对于希望生成shotgun宏基因组学、呼吸道病毒oligo面板和呼吸道病原体ID/AMR面板的临床报告的用户，IDbyDNA提供简单、强大的生物信息学软件，将我们的测序仪生成的数据转化为可操作的见解。IDbyDNA经过验证的自动化Explify平台分析支持35种呼吸道病毒的检测，包括SARS-CoV-2的基因组特征。请致电IDbyDNA客户服务833-397-5439或clientservices@idbydna.com要学习yobet亚洲亚博官网人口更多的知识。
宿主反应研究的相关引擎
Illumina正在为COVID-19研究社区提供一个免费的协作环境，以更好地了解调节宿主反应的关键因素，并帮助确定潜在治疗的生物标志物。
BaseSpace Correlation Engine如何推进您的研究：
- 把它放在上下文中：关联引擎挖掘了数千个基因组研究，允许研究人员将他们的数据与世界基因组知识库整合，生成数据驱动的答案。
- 加速研究：利用相关引擎即时查询数千项研究，减少发现时间，并通过实时进行数据驱动查询，帮助验证假设
- 保持最新状态：Illumina有一个专门的团队，致力于用精心整理的COVID-19数据更新相关引擎，并欢迎研究界成员贡献他们的发现，以帮助推进COVID-19研究。
- 集成:关联引擎是我们完整的转录组学产品的集成扩展，帮助研究人员无缝地从样本导航到答案。
- 协作：在抗击COVID-19的斗争中，我们都是同舟共济的。相关引擎允许研究人员贡献数据并与研究界共享，以促进我们对COVID-19宿主应对措施的理解。
研究人员可以使用透明LIMS处理样品。一旦测序完成，研究人员可以使用新的工具包自动将数据流到BaseSpace Sequence Hub。
提供端到端解决方案
SARS-CoV-2检测
Illumina正在使用NGS和全面、集成的工作流程，使检测和识别SARS-CoV-2变得更简单。
与Illumina呼吸道病毒目标富集工作流程兼容，新工具包使研究人员能够安全地直接将我们完整的测序器组合中的数据流传输到BaseSpace Sequence Hub，以便使用DRAGEN RNA病原体检测应用程序进行快速、全面的分析。分析完成后，研究人员可以直接从BaseSpace Sequence Hub向全球共享所有流感数据倡议（GISAID）提交数据。
对于想要提高实验室效率的研究人员来说，清晰LIMS可用于跟踪和监测COVID-19样本，提供全面的端到端解决方案。
清晰LIMS呼吸病毒面板工作流
全面的工作流管理和样本跟踪
BaseSpace Clarity LIMS提供了两个新的工作流:
- 基于CDC建议的CDC新冠病毒-19 RT-PCR工作流程
- 使用Nextera Flex浓缩库准备工具包的呼吸道病毒面板工作流程
这些新的工作流程有助于确保样本可用于分析——允许实验室快速开始处理冠状病毒样本，从样本获取和文库准备到对测序运行执行QC。
看见这篇软件博客有关Clarity LIMS COVID-19工具的更多信息。
访问BaseSpace Clarity LIMS
轻松和安全的共享、协作和提交到公共数据库
BaseSpace Sequence Hub旨在促进研究小组之间安全、审计控制的协作。数据管理和共享功能（如工作组）允许您与协作者安全地共享项目和运行，而无需下载文件。
Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包具有以下几个特性BaseSpace Sequence Hub应用程序为了合作。这个GISAID提交应用程序接受VCF或FASTA文件的集合，以及相同示例的元数据CSV。在将数据提交到GISAID进行进一步的QA和处理之前，应用程序执行数据验证。
下载BaseSpace安全与隐私信息如何访问Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包
在BaseSpace Sequence Hub上可以获得完整的Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包。更新后的DRAGEN COVID-19工具也将在DRAGEN服务器上提供，并将通过DRAGEN API提供给开发者
BaseSpace序列集线器上的Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包
研究人员可以从今天开始在BaseSpace Sequence Hub上免费使用Illumina SARS-CoV-2 NGS数据工具包，直到2021年7月31日。研究人员可以将数据直接从他们的仪器传输到BaseSpace的安全云环境中，以便按按钮使用整个工具包。
yobet亚洲亚博官网人口了解更多关于BaseSpace的信息面向开发者的DRAGEN冠状病毒工具
DRAGEN API适用于希望在云中实现分析自动化的大型研究中心。该API构建在Amazon Web服务之上。它允许用户调用一个简单的API端点，以流式传输、处理冠状病毒样本数据，并从他们自己的AWS S3存储桶传递数据。
要通过DRAGEN API请求尽早访问新的DRAGEN冠状病毒工具，请填写下表。
主打产品
BaseSpace Sequence Hub和iCredits
BaseSpace Sequence Hub由Amazon Web Services提供支持，通过一组精心设计的分析应用程序，您可以轻松管理和分析数据。信用是用于购买Illumina基因组数据存储和分析选项的货币。
德拉根生物信息技术平台
Illumina DRAGEN Bio IT平台提供精确、超快速的测序数据二次分析。
NextSeq 2000系统和试剂
NextSeq 2000系统支持新兴和中通量测序应用，以及广泛的方法，如外显子组测序，靶标富集，单细胞分析，转录组测序，等等。
如需访问DRAGEN API，请填写以下表格。
其他冠状病毒软件工具
目标浓缩管道
DRAGEN富集管道也可用于检测和识别SARS-CoV-2。该管道可以在BaseSpace Sequence Hub上以较低的每样例成本获得，并且可以在DRAGEN服务器上访问。
亚博官网人口*BaseSpace序列中心SARS-CoV-2 NGS数据工具包在2021年7月31日之前是免费的。Illumina还为新冠病毒-19研究人员提供了一项为期1年的Clarity LIMS免费试验。