ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織サンプル由来のRNAはホルマリン固定の過程で断片化されたり,化学的に修飾されたりするため,解析が困難とされてきました。
イルミナでは，RNAキャプチャーテクノロジーを活用することで、その課題を克服しました。
ここでは，RNAキャプチャー法を成功させるための実験のポイントや対象制品について解说します。
RNAキャプチャーテクノロジーを活用する利点とは吗?
既存のTruSeq RNA文库准备工具包とキャプチャーテクノロジーを活用したTruSeq RNA访问库准备工具包を比較したお客様事例をご覧ください。
RNAキャプチャー法による解析を成功させるには吗?
実験のポイント
分解が進んだサンプルに対処するには ?
遗伝子発现解析では，rna品质评価にrna完整性（rin）がが利用されいますが，分享したffpeサンプルのの値は评価基础としてのの値だけでなくとして度度低いだけでなく，ライブラリー调制だけでなく成。，RNA断片，RNA，RNAの品牌评価としとし，より信息性の高度い子であることががましたたた。以上のrna断片断片ののののをdv200指標を開発しました。DV200は、生物分析仪トレースより、簡単に算出が可能です。数码摄像200の値に応じて,推奨インプット量を設けており,推奨量からスタートすることで,確実にライブラリーを調製することができます。
答:RNA品質の指標として使用されているRIN値とライブラリー収量(濃縮前)では,相関が認められませんでした。
B.DV200とライブラリー収量(濃縮前)とでは,高い相関が認められ(R2=0.91）、RNA品質の指標としての有用性を示しています。
C.DV200に基づき，推奨のRNAインプット量を设けています。
詳細は、FFPEサンプル由来の 核糖核酸品質の評価 テクニカルノートをご覧ください。
実験のポイント
キャプチャー法の利点とは ?
従来法であるTruSeq困总RNA工具包を用いてFFPEサンプルの解析をする際には,多くのリード数が必要でしたが,TruSeq RNA访问图书馆准备工具包の場合,コーディング領域のみをキャプチャーするため,少ないリード数でターゲット領域を効率的に解析することが可能で,コストの削減にもつながります。
A.TruSeq绞合总RNA试剂盒に比べ、TruSeq RNA访问库准备工具包では、8.分の1.のリード数にも関わらず、エクソン領域で深いカバレッジが認められました。
b . TruSeq RNA访问图书馆准备工具包により得られたデータのうち85%以上が転写産物(コード領域およびUTR領域)にアライメントされました。
