TruSight Oncology UMI试剂可降低测序数据中的背景噪声,从而能够检测低频变异,如在无细胞DNA(cfDNA)中发现的变异。
循环肿瘤DNA (ctDNA)可能代表cfDNA的很小一部分,接近下一代测序(NGS)检测的极限。TruSight肿瘤UMI试剂通过UMIs和错误校正软件解决了这一挑战,将错误率降低到< 0.007%,并能够检测低频变异。较低的错误率增加了分析的特异性,从而提高了NGS数据的置信度。
TruSight Oncology UMI试剂包括UMI适配器和索引,以及TruSight Oncology DNA文库制备和富集试剂。这些试剂也可以与TruSight肿瘤170 DNA寡核苷酸配对。集成UMIs不会在库准备工作流程中创建任何额外步骤。
UMI错误修正应用程序对读取数据进行对齐,然后使用ui来排除误报,减少变体调用错误。UMI Error Correction App可在基于云的BaseSpace Sequence Hub中获取,也可在本地安装。
顺序运行 | 平均错误率(未折叠读取) | 平均错误率(折叠读取) |
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1. | 0.038% | 0.0023% |
2. | 0.043% | 0.0024% |
3. | 0.035% | 0.0024% |
4. | 0.084% | 0.0019% |
使用TruSight Oncology UMI reagent与TruSight Tumor 170 DNA含量配对进行文库制备,31个样本在HiSeq 4000系统上进行4次独立测序。使用UMI错误纠正应用程序显示有和没有折叠读取时的平均错误率。
技术说明| PDF< 1mb
使用TruSight Tumor 170和TruSight UMI工具包检测cfDNA的低频变异
申请须知| PDF2 MB
数据表| PDF<1 MB
*对NovaSeq 6000系统的性能进行了演示,但没有进行广泛测试。