NGS证明生物标记物的发现是无价的

介绍

基因组学已经改变了生物医学科学的每个领域，但DNA测序对癌症研究的影响最大。科学家们已经深入研究肿瘤，以识别在其他情况下看似相同的癌症之间细微或不那么细微的差异，更多地了解它们的成因，以及它们对不同类型治疗的反应。yobet亚洲作为Georges-François Leclerc (CGFL)中心的实验室经理，Romain Boidot博士为数百名科学家和临床研究人员提供了测序资源。

自2012年以来，Boidot博士和CGFL一直依靠Illumina下一代测序(NGS)系统进行癌症研究。他们从MiSeq系统开始，进行转录组测序(RNA-Seq)，染色质免疫沉淀测序(ChIP-Seq)，并使用基因面板对实体肿瘤进行表征。2015年1月，他们添加了NextSeq 500系统，以获得更高的产量和执行更深的测序。他们目前的项目之一是对乳腺癌基因表达生物标志物进行分类，以有效描述实体肿瘤，希望影响治疗和预后。

iccommunity与Boidot博士进行了交谈，了解了在CGFL进行yobet亚洲亚博官网人口的癌症研究的更多信息，以及MiSeq和NextSeq 500系统的RNA-Seq、ChIP-Seq和外显子组测序如何使其研究人员能够发现癌症生物标志物。

问：CGFL正在进行哪些类型的基因标记研究？

罗曼波伊多（RB）：我们研究癌细胞，也研究针对免疫细胞的基因。我们使用RNA-Seq检测哪种类型的免疫细胞或t淋巴细胞亚型浸润肿瘤。RNA-Seq的好处是我们可以研究肿瘤细胞以及形成肿瘤微环境的细胞。我们开始了一个新项目，一个由30-40名癌症患者组成的队列，以确定免疫治疗反应的特定标记物。

问:你是如何开始将NGS整合到你的实验室研究中的?

RB:首先，我们想用癌症基因图谱来研究样本。我们是法国首批获得MiSeq系统的公司之一。我们需要时间来熟悉系统，了解工作流程，并确定哪种库准备技术将最好地支持我们的研究。在进行了6个月的DNA测序之后，我们决定也尝试rna测序。2013年初，我们开始在MiSeq系统上运行RNA-Seq。

问:您在MiSeq系统上执行了哪些类型的测序项目?

RB:最初，我们使用MiSeq系统进行常规工作，癌症基因面板包括BRCA以及同源重组基因来研究乳腺癌和卵巢癌的易感性。

问:是什么促使你在2013年初转向RNA-Seq ?

RB:第一次RNA-Seq试验是为一个免疫学研究项目进行的，包括T-CD4淋巴细胞分化的研究。¹我们最终有两个项目，我们用MiSeq系统执行RNA-Seq运行，它们运行得很好。我们购买NextSeq 500 System是因为它能够提供更高的输出和每次运行更多的读取。

“我们收购了NextSeq 500系统，因为它能够提供更高的输出和每次运行更多的读取。”

问:你们目前在NextSeq 500和MiSeq Systems上进行哪些类型的研究?

RB:MiSeq和NextSeq 500系统之间存在协同效应。最后，我们根据序列区域的大小和样本的数量来进行决策。在NextSeq 500系统上，我们进行多学科分析、RNA-Seq和ChIP-Seq的常规外显子组研究。我们也用它与面板，特别是当我们有一个大的队列的主题。我们将在NextSeq 500系统上运行大量的受试者样本，而不是在MiSeq系统上运行几次。

我们在MiSeq系统上对面板进行常规排序。我们从癌症基因面板和小型癌症基因组开始，现在正在使用体细胞基因面板。

问:NextSeq 500系统有什么优点?

RB:其主要优点是阅读深度。使用MiSeq系统，我们获得了大约1200万到1500万次读取。运行NextSeq 500 System将读取深度乘以4亿次。

NextSeq 500系统降低了每次分析的成本，因为与MiSeq系统相比，可以进行大量的样品复用以获得更大的深度。这增加了我们可以执行的RNA-Seq项目的数量。更快地获得结果也是一个明显的优势。

问:MiSeq和NextSeq 500系统在数据质量上有什么不同吗?

RB:我们通过这两台机器获得了高质量的数据，我们非常高兴。数据质量支持我们的基础研究和转化研究。NextSeq 500系统上RNA Seq的读取深度要高得多，为我们提供了更多信息。我们目前正在比较MiSeq和NextSeq 500系统之间癌症基因面板的测序，我们很快就会有结果。

“BaseSpace现场与管道分析，无论是BWA或Isaac，使我们能够运行exomes与NextSeq 500系统。”

问：您常规使用NextSeq 500系统需要多长时间？

RB:NextSeq 500 System的安装非常顺利。我们几乎立刻就开始使用它。我们在NextSeq 500系统上进行的第一次测序是RNA-Seq，结果很好。该系统于2015年1月抵达，3月中旬开始运行，2015年6月，我们开始例行执行RNA-Seq。我们随后开始对该系统进行ChIP-Seq和外显子组测序。

在学习yobet亚洲如何操作系统的过程中，我们大部分的时间都集中在图书馆的准备上。我们意识到通过调节浓度，我们可以获得最优的簇数，并充分利用测序能力。

我们还必须学习如何设置软件排序yobet亚洲运行。我们使用BaseSpace现场服务器*，其中包括Prep Tab软件，帮助组织库池排序运行。

问:BaseSpace Onsite对你们的测序流程有什么影响?

RB:我们需要向CGFL研究人员表明，我们了解并能够进行测序，使用我们的实验室对他们来说有真正的附加价值。BaseSpace现场管线分析，无论是Burrows-Wheeler Aligner (BWA)或Isaac对齐软件，使我们能够使用NextSeq 500系统运行exomes。如果我们没有BaseSpace现场，我认为我们不可能快速运行外显子组工作流并达到这种质量。

问:从单一提供者获得一个全面的工作流有什么好处?

RB:与一家供应商合作，为我们提供了一个单一的联系点，以帮助我们解决问题。全面的工作流程为我们提供了分析连续性。这有助于我们对流程感到舒适，并使我们能够获得高质量的结果。

“我们现在在NextSeq 500系统上运行所有的临床研究样本……因为它使我们能够在必要的外显子大小下对许多样本进行外显子组和面板测序。”

问:NextSeq 500系统在临床研究中的价值是什么?

RB:我们现在在NextSeq 500系统上运行所有的临床研究样本。我们选择该系统是因为它使我们能够在必要的外显子组大小下对许多样本进行外显子组和面板测序。我们的临床癌症研究重点是在受试者同意的情况下研究应用的生物标志物，使我们能够发现在文献中尚未确定的生物标志物。

问：Illumina的客户支持是否有所帮助？

RB:Illumina的客户支持是优秀的。我们一有问题就提出，很快就会得到解决。

问:NGS是否改变了你在研究中使用的癌症基因面板的类型?

RB:NGS使我们能够使用非常强大和尖端的研究工具，它帮助提高了我们的研究的影响。通过桑格测序，我们进行了测序BRCA1和BRCA2面板。使用NGS，我们序列面板由BRCA1，BRCA2以及超过23个与乳腺癌和消化癌易感性有关的基因。通过使用这些面板，我们意识到，那些仅仅是乳腺癌和卵巢癌易感性研究对象的基因，可能会对消化癌易感性产生影响，反之亦然。

问:你下一步的研究是什么?

RB:下一步是继续进行外显子组测序，并识别针对靶向免疫治疗和常规化疗的新的反应生物标志物。我们还想开发能够分析循环DNA变异的面板。NextSeq 500系统将使这些研究成为可能，因为它提供了更大的读取深度，并使我们能够确定信息阈值。我们还将使用RNA-Seq研究石蜡包埋的肿瘤组织的融合基因和变异。

问:你有没有想过这些进步可以通过NGS实现?

RB:在我写论文时，Sanger测序是唯一可用的技术。当我在为期两年的实习开始时回到CGFL时，这种前景并没有改变。然后我参加了一个跨部门会议，我听到人们在谈论Illumina NGS系统开始出现的问题。当我们看到第一批被送往欧洲的MiSeq系统时，我们意识到它们可以为我们的研究增加价值。我从来没有想到我们可以用MiSeq系统和现在的NextSeq 500系统做这么多事情。