使用高通量NGS确定乳腺癌靶点
乳腺癌图谱项目正在使用NovaSeq 6000系统对100多万个乳腺癌细胞进行测序。
利用高通量NGS识别乳腺癌靶点
总结
概述
加文研究所的研究人员正在创建一个全面的乳腺癌细胞图谱。
挑战
对100多万个乳腺癌细胞进行细胞基因组学研究。
解决方案
Swarbrick博士和他的团队选择NovaSeq 6000系统进行测序研究，包括单细胞RNA测序(scRNA-Seq)。
利益
在NovaSeq 6000系统上的高容量测序使Garvan研究人员能够快速进行测序，生成高质量的数据。
介绍
Garvan医学研究所的Alex Swarbrick博士和他的同事发起了乳腺癌图谱项目，对来自100多万个乳腺癌细胞的基因组和蛋白质数据进行分类。与组织病理学数据一起，这个最先进的参考数据库将帮助研究者和临床医生识别为乳腺癌的治疗和诊断制定目标，并在未来做出更精确的治疗决策。
斯沃布里克博士说：“我们经常从病理学的角度来看待癌症生物学。”。“十多年来，乳腺癌的许多重大和变革性发现都是通过这一领域实现的，包括发现诊断生物标记物以帮助疾病分层。通过结合我们对病理学的兴趣和新一代测序（NGS）的出现-基于这些方法，我们认识到有机会以高分辨率了解乳腺癌的细胞组成。”
乳腺癌的细胞基因组学
Swarbrick博士使用细胞基因组学技术来理解和识别肿瘤微环境中的基质-上皮信号。许多上皮性癌症的驱动因子，如乳腺癌，是由细胞外空间中感知配体激活的受体。肿瘤微环境是这些配体的丰富来源。
Swarbrick博士与肿瘤学、病理学、外科和放射学的临床合作者一起，开始了一个从澳大利亚悉尼的几家医院收集新鲜组织样本的项目。在美国国家乳腺癌基金会(National Breast Cancer Foundation)富有远见的资金支持下，乳腺癌图谱项目(Breast Cancer Atlas Project)成立，以生成乳腺癌的全面细胞图谱。
专门的组织收集方法
“我们已经用一种与细胞基因组相容的方式收集和存储组织4-5年了，”Swarbrick博士说。“这是支撑我们项目的一种新的生物资源。”
该团队已经完成了250多个样本的组织病理学研究。“我们现在可以开始使用NovaSeq 6000系统快速生成细胞基因组数据，”Swarbrick博士说，“我们已经开始了该项目，目前已经完成了15%的工作。”。
“我们已经转向NovaSeq 6000系统进行我们自己的细胞基因组学研究，因为它提供了效率和经济性。”
“部分价值在于，我们一直在收集临床和组织病理学变量以及细胞基因组数据，”Swarbrick博士补充说。“拥有一个大型队列的力量在于，我们可以开始将我们发现的细胞和分子特征与这些患者的临床特征和结果联系起来。”
NGS负责细胞基因组学研究
在细胞基因组学研究的早期，Swarbrick博士和他的团队使用了NextSeq™500系统。“NextSeq 500系统灵活、快速，而且相对容易操作，”Swarbrick博士说。“它让我们能够快速生成数据。当一个新的样本出现时，我们可以捕获它，对它进行排序，并在几天内获得数据。”
该团队选择采用NovaSeq 6000系统来处理高容量测序项目，如乳腺癌图谱。“我们已经转移到NovaSeq 6000系统进行我们自己的细胞基因组学研究，因为它提供了效率和经济性，”Swarbrick博士说，“我们所有的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）在NovaSeq 6000系统上进行。我们仍然使用NextSeq 500系统通过测序（引用Seq）研究对转录组和表位进行细胞索引，以测量单个细胞表面的蛋白质水平。”