成本效益高的测序使研究人员能够规模的癌症研究

介绍

FRACP博士大卫·托马斯教授和他在加文研究所金霍恩癌症中心的同事们认为，在癌症研究中，生殖细胞被忽视了。他们想知道，生殖细胞DNA是否有助于更好地了解癌症的遗传决定因素，特别是在早期发病的癌症，如肉瘤。

托马斯教授说:“国际癌症基因组联盟和癌症基因组图谱中有11000个基因组或外显子，它们已经被排序并放入可访问的数据库。”然而，其中很小的一部分带有生殖系基因组。生殖细胞已经成为癌症研究中被遗忘的基因组。”

具有成本效益的测序

他们开始了一项突破性的肉瘤研究。他们并没有直接观察肿瘤，而是分析了1162名先验肉瘤患者的生殖细胞DNA，使用了与癌症风险相关的72个基因的靶向外显子组。

托马斯教授说:“这项研究是首次针对一种罕见疾病进行的同类研究，从我们花费的每一美元中获得尽可能多的收益是我们战略的重要组成部分。”他们选择了HiSeq^®2500系统执行目标外显子测序。

托马斯教授说:“HiSeq 2500系统非常适合这项研究，使测序变得非常实惠。”“每组测序的成本约为200澳元，这意味着我们有能力对1000多个病例进行测序。”

“HiSeq 2500系统非常适合这项研究，使测序变得非常实惠。”

速度和效率

在3年的时间里进行了10批测序。之后的批次，使用HiSeq 2500系统的高输出模式在3天内完成测序。”托马斯教授说。“我们在一条车道上96路交叉，最终获得了足够的阅读深度。所有的测序都是在三年前完成的。我们从那时起就一直在分析它。”

该团队进行了罕见的变异负担分析，以确定在这72个基因中哪些基因富集。除了TP53，他们确定了强烈浓缩的基因，即他们没有指望与肉瘤有关，包括atm，ATC.， 和ERCC2．

“在肉瘤患者中，有61人的基因有致病性变异APC.，一种，MSH2， 和MSH6托马斯教授说，这与肠癌有关。““我们还确定了萨马拉队的28个人BRCA1或者BRCA2突变，这在乳腺癌医学中是众所周知的。这些基因的重要性在于我们已经建立了管理风险的程序。我认为这是一个非常重要的结果。”

“对于稍后的批次，使用高输出模式在三天内完成测序。我们在单车道中有96-一流，并最终充分读取深度。”

全基因组测序的后续

该团队将很快履行同一伙伴的全基因组测序（WGS），以确定患有肉瘤风险的额外基因。“这是令人难以置信的令人兴奋，因为我们可以在我们看着一个已知的基因面板的时候开始提出更广泛和更深刻的问题，”托马斯教授说。“用WGS，我们可以寻找途径的致病变异，并询问我们是否看到来自每个基因的信号，或者只是我们为面板挑选的信号。看着整个基因组也允许我们发现以前没有与癌症有关的新基因。“

WGS可能使他们能够填补遗传率数据，从他们检测到的目标外显子测序缺失。托马斯教授补充说:“看看我们能发现多少与肉瘤早期发病有关的生物标记物，这将是一件有趣的事情。”“整个人类基因组测序将在我们加文研究所的HiSeq X Ten设备中进行，这让我们非常兴奋。”

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