通过多路复用增加容量
下一代测序（NGS）技术的改进极大地提高了测序速度和数据输出，导致当前测序平台的大规模样本吞吐量。利用这种增加的容量的一个关键是多路复用，它在文库准备过程中为每个DNA片段添加称为索引的独特序列。这允许在一次排序运行期间同时汇集和排序大量库。
从多路复用中获得的吞吐量增加了一层复杂性，因为在最终数据分析之前，需要在一个称为解多路复用的过程中对从池库中读取的序列进行识别和计算排序。然而，对于多路复用，无论使用何种库准备方法或排序系统，都存在索引跳转的可能性。索引跳转可能会导致在解复用期间将顺序读取分配到错误的索引，从而导致未对齐。
什么是指数跳跃？
随着时间采样复用技术的发展，指数跳变或指数切换是影响NGS技术的一个已知现象它会导致一种特定类型的错误赋值，导致将库从期望的索引不正确地赋值到不同的索引(在多路复用池中)。
指数跳跃可以在使用有图案的流动细胞排除放大化学与那些不使用模式流细胞。具有更高级别的免费适配器的库将看到更高级别的索引跳转。
影响是什么?
虽然索引跳变会发生，但它对大多数应用程序的影响有限，并且后台跳变读可以作为噪声被过滤掉。典型的指数跳跃水平在模式流单元系统范围0.1-2%，这取决于库的类型、质量和处理。使用唯一的双索引组合消除了从下游分析的跳读，因为意外的组合将被指定为未确定。
小贴士和最佳做法
为了最小化索引跳变的程度和影响，客户应该遵循以下准备库的最佳做法:
- 从库准备文件中删除免费适配器
- 存储库单独在-20°C
- 在排序之前池库
- 使用唯一的双索引池组合(唯一的i5和i7索引)
应对指数跳
Illumina正在扩大我们提供的独特双索引的数量，目前有24个索引和96个索引。独特的双索引使研究人员能够消除意外的组合，只关注具有正确索引组合的“真实”数据。
以下产品与新的独特的双索引套件兼容:
Illumina还开发了一种酶解方案，有助于降低图书馆中免费适配器的水平。此步骤发生在库生成之后，并进一步降低索引跳转级别。
额外的信息
有关更深入的信息，请参阅以下参考资料:
- Nextera Library Prep的最佳实践(视频)
- TruSeq样品制备最佳实践(研讨会)
- Nextera DNA样品制备试剂盒(研讨会)
- 独特的双索引设计推荐策略(公告)
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参考
- Kircher M, Sawyer S, Meyer M.双重索引克服了Illumina平台上多重测序的不准确性。核酸Res. 2012:2513-2524。