深度测序是指对一个基因组区域进行多次测序，有时甚至是数百次甚至数千次。这种下一代测序(NGS)方法使研究人员能够检测到仅占原始样本1%的罕见克隆类型、细胞或微生物。
深度测序在肿瘤学、微生物基因组学和其他涉及稀有细胞群分析的研究中是有用的。例如，需要深度测序来识别肿瘤内的突变，因为正常细胞污染在癌症样本中是常见的，而肿瘤本身可能包含多个癌细胞的亚克隆。
对深度测序的需求取决于一些因素。例如，在癌症研究中，对于低纯度肿瘤、高多克隆肿瘤和需要高灵敏度的应用(识别低频克隆)，所需的测序深度增加。癌症测序深度通常从80倍到数千倍不等。
肿瘤通常是由正常组织和肿瘤组织的混合物组成。含有50%正常组织的肿瘤需要两倍的测序深度来检测肿瘤突变，并且与100%纯肿瘤样本具有相同的置信度。
晚期肿瘤通常是多克隆的。存在的克隆类型越多，测序就需要越深才能正确地代表每一个克隆类型。
代表原始肿瘤1%的克隆有可能成为耐药复发期间的主要克隆。假设肿瘤中没有正常组织，1%的克隆只在100倍覆盖率中出现一次。
*。肿瘤克隆在给定的等位基因频率或丰度水平上检测到突变的概率