次次世代シーケンスととサンガーシーケンスとの主な

ngsがより效果的な选択肢になるなる场を知る

基本的に,サンガーシーケンスと次世代(ngs)テクノロジーの背景にある概念ほぼ同じです.ngsでもサンガーシーケンス(ジデオジデオやや电脑泳シーケンスととれますます鋳型鋳型ます鋳型鋳型〖dna〗1つずつつずつ光ヌクレオチドが付れれます。

サンガーシーケンスとNGSとの決定的な違いは、シーケンス量にあります。サンガー法では一度に1.つの脱氧核糖核酸フラグメントをシーケンスすることしかできませんが、NGSはラン当たり何百万ものフラグメントを同時に大量並列シーケンスできます。このハイスループットのプロセスにより、数百から数千もの遺伝子を一度にシーケンスできるのです。また、NGSはディープシーケンスで新規バリアントやレアバリアントを検出する高い発見力も備えています。

NGSとサンガーシーケンスとの違い

NGSの利点:

  • 低频度バリアントを検出できるより高度感度1,2
  • 大量ののサンプルに対応できる速いターンアラウンド3.
  • 包括的なゲノムカバレッジ
  • より低い検出限界4,5
  • サンプルのマルチプレックスによるスループットの向上
  • 当时
ngsとサンガーシーケンス,どちらを选ぶべきか

それぞれの方法の利点と制約を調べ,ご自分のニーズに合う方法を見つけてください。

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サンガーシーケンス ターゲットNGS
利点
  • 少数のターゲット(1 ~ 20ターゲット)の場合,迅速でコスト効率が高い
  • 使いやすいワークフロー
  • より高いシーケンス深度が実現するさらに高い感度(1%まで)
  • より高い発见力*
  • より高い変異解像度
  • 同じ量のインプット脱氧核糖核酸でより多くのデータが得られる
  • より高いサンプルスループット
課題
  • 低い感度(検出限界約15 ~ 20%)
  • 低い発见力*
  • 多数のターゲット(20ターゲット以上)の場合、コスト効率があまり高くない
  • サンプルインプット要件の増加による低い张性
  • 少数の(1〜20ターゲット)の料合,コスト效率が低い
  • 少数のターゲット(1〜20ターゲット)の结合,时间がかかる

*発见力とは新规バリアントを特定する能力のことです。
変異解像度は同定された変異のサイズです。NGSでは大規模な染色体再編成から単一ヌクレオチドバリアントレベルまで特定できます。
10纳克の脱氧核糖核酸からは、サンガーシーケンスでは約1KBターゲットリシーケンスでは約300 kb(TruSeq自定义放大器ワークフローでアンプリコン長250bp×1536アンプリコン)が得られます。

サンガーサンガーシーケンスと次次世代シーケンスのオプションの

サンガーシーケンスは,限制れた数码のやゲノムターゲット(20次)においてdnaの小さな领域调べるそれ伴に适した领域调べるそれ以ののは,ターゲットngsの方向ニーズに适しいる可以高いでしょう.ngsでは,高いコスト效率でよりくサンプルサンプルスクリーニングし,ゲノムのターゲット领域复しのをするするます。アプローチとなるでしょう。

ターゲットNGSとサンガーシーケンスのコスト効率の比較
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NGSとサンガーシーケンスとの比較

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参照文献
  1. Jamuar SS,Lam At,Kircher M,等。大脑皮层畸形的体细胞突变.英国医学杂志。2014;371(8):733-743.
  2. Rivas MA、Beaudoin M、Gardet A等。GWAS基因座的深度重测序确定了与炎症性肠病相关的独立低频变异.NAT Genet。2011;43(11):1066-1073.
  3. König K,Peifer M,Fassunke J等。扩增子平行测序的实施导致改善肺癌患者的诊断和治疗.J Thorac杂志。2015;10(7):1049-1057.
  4. 申杜尔J和吉H。下一代DNA测序.生物科技Nat》。2008;26(10):1135-1145.
  5. 舒斯特SC。下一代测序改变了今天的生物学.Nat方法。2008; 5(1): 16日至18日举行。