什么是配对端测序?
配对端测序允许用户对片段的两端进行测序，并生成高质量、可校准的序列数据。配对端测序有助于检测基因组重排和重复序列元素，以及基因融合和新的转录本。
除了在相同的时间和库准备工作中产生两倍的读取数量外，对齐为读对的序列还可以实现更准确的读对齐和检测插入-删除(indel)变量的能力，这在单读数据中是不可能实现的。1所有Illumina下一代测序(NGS)系统都能够进行配对端测序。
配对端测序要点
- 简单成对端库:简单的工作流程允许生成独特的插入大小范围
- 有效的样本使用:需要与单读基因组DNA或cDNA测序相同数量的DNA
- 应用范围广:不需要DNA甲基化或限制性消化;可用于亚硫酸氢盐测序
- 简单数据分析:启用具有短插入库的高质量序列程序集。对标准单读库准备过程进行简单修改，就可以在一次配对端读过程中同时读取每个集群的正向和反向模板链。两个读取都包含远程位置信息，允许高度精确的读取对齐。
配对端DNA测序
对端DNA测序reads提供了高质量的排列横跨DNA区域包含重复序列，并产生长contigs新创通过填补共识序列中的空白进行排序。对端DNA测序还可以检测常见的DNA重排，如插入、删除和倒置。
配对端RNA测序
配对端RNA测序(RNA- seq)使发现应用，如检测癌症中的基因融合和表征新的剪接异构体。2
对于配对端RNA-Seq，使用以下带有替代片段协议的试剂盒，然后使用标准的Illumina配对端簇生成和测序。
对于mRNA-Seq库准备，使用:
对于链总RNA文库准备，使用:
Single-Read测序
单读测序涉及仅从一端测序DNA，是利用Illumina测序的最简单方法。该解决方案能够快速、经济地提供大量高质量数据。单读测序是小RNA-Seq或染色质免疫沉淀测序(ChIP-Seq)等特定方法的良好选择。
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参考文献
- Nakazato T, Ohta T, Bono H.基于实验设计的高通量测序数据的功能挖掘和表征。公共科学学报，2013;8(10):e77910。
- 王志强，王志强，王志强。RNA-Seq:转录组学的革命性工具。Nat Rev Genet。2009; 10:57 - 63。