深度测序是指对一个基因组区域进行多次测序，有时是数百次甚至数千次。这种下一代测序(NGS)方法允许研究人员检测仅占原始样本1%的罕见克隆类型、细胞或微生物。
深度测序对于肿瘤学、微生物基因组学和其他涉及稀有细胞群分析的研究非常有用。例如，需要深度测序来识别肿瘤中的突变，因为正常的细胞污染在癌症样本中很常见，而且肿瘤本身可能包含多个癌细胞亚克隆。
深度测序的需求取决于许多因素。例如，在癌症研究中，对于低纯度肿瘤、高多克隆肿瘤和需要高灵敏度(识别低频克隆)的应用，所需的测序深度增加。癌症测序深度通常从80倍到数千倍的覆盖范围。
肿瘤通常由正常组织和肿瘤组织组成。一个含有50%正常组织的肿瘤需要两倍的测序深度才能检测到与100%纯肿瘤样本相同的肿瘤突变。
晚期肿瘤通常是多克隆的。出现的克隆类型越多，测序需要的深度就越深，以正确地表示每个克隆类型。
在耐药复发期间，占原始肿瘤1%的克隆有可能成为主要克隆。假设肿瘤中没有正常组织，1%的克隆只会在100×覆盖率中出现一次。
*。肿瘤克隆在给定等位基因频率或丰度水平上检测突变的概率