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配对端和单读测序

什么是配对末端测序?

配对端测序允许用户对片段的两端进行测序,并生成高质量的、可对齐的序列数据。对端测序有助于检测基因组重排和重复序列元件,以及基因融合和新的转录本。

除了在库准备过程中产生两倍数量的读之外,以读对对齐的序列还能够更准确地进行读对齐,并能够检测插入-删除(indel)变体,这在单读数据中是不可能的。1.所有Illumina下一代测序(NGS)系统都能够进行配对末端测序。

Paired-End测序

成对末端测序突出显示

  • 简单的Paired-End库:简单的工作流程允许生成唯一的插入尺寸范围
  • 有效样本使用:需要与单次读取基因组DNA或cDNA测序相同数量的DNA
  • 广泛的应用范围:不需要DNA甲基化或限制性消化;可用于亚硫酸氢盐测序
  • 简单数据分析:支持具有短插入库的高质量序列程序集。对标准单读库准备过程的一个简单修改有助于在一次对端读取期间读取每个集群的正向和反向模板链。两个读取都包含远程位置信息,允许读取的高度精确对齐。
Illumina公司测序的介绍

本综述介绍了主要测序技术进展、关键方法、Illumina测序化学基础等。

阅读介绍

Paired-End DNA测序

对端DNA测序reads提供高质量的比对DNA区域包含重复序列,并产生长contigs从头通过填补共识序列中的空白进行排序。对端DNA测序还可以检测常见的DNA重排,如插入、缺失和倒置。

DNA测序方法

DNA测序可以通过多种方法应用于小的目标区域或整个基因组。

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顺序读取长度

选择正确的测序阅读长度取决于你的样品类型,应用,和覆盖要求。yobet亚洲学习如何为你的测序运行计算正确的读取长度。

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Paired-End RNA序列

配对末端RNA测序(RNA-Seq)使发现应用成为可能,例如检测癌症中的基因融合和表征新的剪接异构体。2.

对于成对端RNA-Seq,使用以下试剂盒和替代分段协议,然后进行标准的Illumina成对端簇生成和测序。

对于mRNA序列库准备,使用:
对于链总RNA库的准备,使用:
RNA-Seq概述

这种方法提供了转录组的编码和非编码区域的高分辨率视图,以加深对生物学的理解。

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NGS正在揭示微生物的神秘世界

研究人员正在使用16sRNA研究微生物的基因组,提高我们对人类健康、疾病和微生物进化的理解。

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单读排序

单读测序只涉及从一端测序DNA,是利用Illumina测序的最简单方法。此解决方案可快速、经济地提供大量高质量数据。对于某些方法,如小RNA序列或染色质免疫沉淀测序(ChIP-Seq),单读测序是一个很好的选择。

图书馆准备

创新、全面的图书馆准备解决方案是Illumina测序工作流程的关键部分。

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额外的资源

测序技术视频
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请参阅SBS技术的实际应用。

测序平台选择工具
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参考文献
  1. 基于实验设计的序列读取档案中高通量测序数据的功能挖掘和表征。《公共科学图书馆•综合》。2013;8 (10):e77910。
  2. 王梓,格斯坦M,斯奈德M.RNA Seq:转录组学的革命性工具。纳特·杰内牧师。2009; 10:57 - 63。