什么是序列读长度?
下一代测序(NGS)读长度是指从DNA片段中测序出的碱基对数(bp)。测序后，reads之间的重叠区域被用来组装和对齐参考基因组，重建完整的DNA序列。测序的读取长度直接对应于NGS仪器上使用的测序试剂——更多的化学循环产生更长的读取长度。
为什么NGS读取长度很重要?
选择正确的顺序读取长度取决于您的示例类型、应用程序和覆盖需求。因为长读取允许更多的序列重叠，所以它们很有用新创组装和解决基因组的重复区域更有信心。对于其他应用程序，如表达式分析或计数研究，较短的读取就足够了，而且比较长的读取更划算。
测序读选项
有两种测序读类型:单读和成对端测序。单读测序包括对DNA片段从一端到另一端的测序。它在一些应用中是有用的，比如小RNA测序，并且可以是一个快速和经济的选择。
在对端测序中，DNA片段从一端读取后，这个过程又从另一端开始。除了产生两倍的测序读数，这种方法可以更精确的读取对齐和检测结构重排。今天，大多数研究人员使用成对的末端方法。
亚博官网人口如何计算光照长度
所有Illumina测序试剂都具有一定数量的测序周期。这些循环与读取长度的顺序直接相关。因为每个周期都要对一个碱基进行排序，所以周期的总数表示可以排序的碱基的最大数量。您可以使用测序试剂产生单次连续读数或成对的两端在两个方向测序。(例如，300循环工具可用于1 × 300 bp的单次入井或2 × 150 bp的双端入井。)
| 应用程序 | 推荐阅读的长度 |
|---|---|
| 全基因组测序 | 2 × 150bp |
| Whole-exome测序 | 2 × 150bp |
| 有针对性的浓缩测序 | 2 × 150bp |
| 扩增子测序 | 整个扩增子插入的长度 |
| 新创测序 | 范围从2 × 150到2 × 300 bp |
| 应用程序 | 推荐阅读的长度 |
|---|---|
| 转录组分析 | 2 × 75bp |
| 基因表达分析 | 1 × 50 bp |
| 小核糖核酸测序 | 1 × 50 bp |
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参考
- Lander ES, Waterman MS。用指纹随机无性系进行基因组定位:数学分析。基因组学。1988; 2(3): 231 - 239。