HiSeqシステムは優れたユーザーインタフェースおよび装入并执行ワークフローを特長とします。クラスター形成とシーケンスが1台の装置に統合され,ベースコールと品質パラメーターをリアルタイムに産生します。
このソフトウェアはHiSeqシステムにインストールされ,使いやすさ,ワークフロー指向,タッチスクリーン操作を特長とし,実験全体を通してガイドします。このソフトウェアはフローセルステージ,流路システム,およびフローセル温度を制御し,クラスターイメージを捕捉します。また,画像解析,ベースコール,およびベースコール品質を自動的に生成します。
シーケンス解析ビューアーソフトウェア(干腊肠)により,研究者はリアルタイムで複数回のランをシーケンスシステムまたは任意のWindowsベースのPC上で実行し,高品質の品質解析を行うことができます。