ATAC-Seq是什么?
转座酶可访问染色质测序(ATAC-Seq)是一种流行的方法，以确定染色质可访问的整个基因组。通过测序开放染色质区域，ATAC-Seq可以帮助你揭示染色质包装和其他因素如何影响基因表达。
ATAC-Seq不需要预先了解调控元素，这使它成为一个强大的表观遗传发现工具。它已被用于更好地了解染色质可及性、转录因子结合和复杂疾病、胚胎发育、t细胞激活和癌症中的基因调控。1，2ATAC-Seq可以在大细胞群或高分辨率的单个细胞上执行。
ATAC-SEQ的应用
染色质可及性分析与ATAC-Seq可以提供有价值的洞察基因组的调控景观。受欢迎的应用程序包括:
- 核小体映射
- 转录因子结合分析
- 小说增强器识别
- 疾病相关的监管机制探索
- 细胞类型特异性调控分析
- 进化研究
- 比较表观基因组学
- 生物标志物的发现
此外，ATAC-Seq可以与其他方法结合，如RNA测序，用于研究基因表达的多组学方法。3.后续实验通常包括ChIP-Seq、Methyl-Seq或Hi-C-Seq，以进一步表征表观遗传调控形式。
“ATAC-Seq可以让你提出关于复杂或罕见组织的表观遗传变异性和细胞种群的表观基因组景观的问题，这些问题以前在全基因组水平上都没有观察到。”
ATAC-Seq是如何工作的?
在ATAC-SEQ中，基因组DNA暴露于TN5，高活性转座酶。TN5同时进行碎片DNA，优先插入开放的染色质位点，并添加测序引物（称为标签）的测序引物。测序的DNA识别开放的染色质，数据分析可以提供对基因调控的洞察力。
用ATAC-Seq测量染色质景观
yobet亚洲了解Dr. Greenleaf和他的团队是如何开发ATAC-Seq的，以及为什么他认为有一天它可能会为癌症和自身免疫疾病的发展和治疗提供新的见解。
阅读面试ATAC-SEQ协议
我们建议下列ATAC-SEQ协议：Buenrostro J，Wu B，Chang H，Greenleaf W. ATAC-SEQ：一种测定染色质可接受性基因组的方法。Curr Protoc Mol Biol。2015; 109：21.29.1-21.29-9。
请注意，TDE1酶和缓冲试剂盒现在可以从Illumina (Cat。编号20034197和20034198)。协议中的所有其他步骤，包括酶和缓冲液浓度，保持不变。
查看协议
单细胞ATAC-Seq
单细胞ATAC-SEQ将单细胞的分隔率和条形划线与TN5标签相结合。TN5转座酶标记用测序适配器打开染色质区域。然后将标记的DNA片段纯化，扩增和测序。
yobet亚洲亚博官网人口了解更多关于单细胞测序的信息
对ATAC-Seq的覆盖建议
ATAC-Seq所需的最低测序覆盖率因研究目标而异。该表提供了一些常见应用程序的指南。
我们建议使用对端读取ATAC-Seq。与单读测序相比，对端读取提供:
- 更高的独特对准速率
- PCR重复的去除
- 关于可访问序列的更完整信息
- 能力分类阅读作为无核小体，单核小体，或二核小体
| 研究目标 | 推荐的深度 |
|---|---|
| 人类样本中开放染色质差异的鉴定 | ≥50米配对读数 |
| 转录因子脚印刷构建基因监管网络 | > 200 M对端读取 |
| 单细胞分析 | 每个细胞核/细胞25 - 50k对端读取 |
由于实验需求可能不同，我们鼓励您参考科学文献，以确定项目的正确覆盖级别。
单细胞的ATAC-Seq答:芥
加入Josh Cuperus博士，Steve Hoffman博士和Adriana Suarez博士，他们讨论单细胞ATAC-Seq的拟南芥根，以了解染色质可达性。他们审查了监管景观，并提供了一个分析框架，以推断控制植物开发的监管网络。
查看网络研讨会特色ATAC-Seq出版物
Buenrostro JD, Giresi PG, Zaba LC，等。天然染色质转位快速和敏感的表观基因组分析开放染色质，dna结合蛋白和核小体位置。
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ATAC-SEQ工作流程
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