複雑な生物系は個々の細胞の協調的な機能によって決定されます。バルクゲノムやトランスクリプトームのデータを提供する従来の方法は,こうした複雑性をもたらす細胞の不均質性を解明することができません。シングルセル解析は,個々の細胞のゲノムやトランスクリプトームを調べる次世代シーケンス(上天)法であり,細胞間の変異を高解像度で把握できます。
超微量サンプルおよびシングルセルRNA序列解析により、複雑な組織内の個々のシングルセル細胞の異なる生態を調べ、環境に対する亜集団の応答を把握することができます。これらのアッセイは、分化、増殖、および腫瘍形成などの時間依存性のプロセスにおける細胞機能と多様性の研究に役立ちます。
超微量サンプルおよびシングルセルRNA序列解析は、最小限のサンプルから偏りなくトランスクリプトーム全体を調べることができる強力なツールです。
シングルセルRNA序列法は、細胞スループットで区別できます。ロースループット法では、機械的操作またはセルソーティング/分配法が使用され、1.回の実験で数十個から数百個の細胞を処理することができます。
マイクロフルイディクス技術における最近の進歩により,優れたコスト効率で1回の実験において数百個から数万個もの細胞を調べることのできるハイスループットのシングルセルプロファイリングが実現しました。ハイスループットおよびロースループット法は、最も広く採用されているNGSテクノロジーである、Sequence by Synthesis(SBS)ケミストリーを利用しており、世界中のシーケンスデータの約90%以上がこのテクノロジーを利用して産生されています。*
本ウェビナーではサンプルの前処理の例など実際のscRNA序列実験の流れを紹介するとともに、インフォマティック解析の専門ではない者が自身の手でデータを解析するための環境構築・解析手法について実データを用いて説明いたします。また、scRNA序列の標準手法となってきている单眼镜や速度细胞など偽時系列解析 (伪时间分析)についても紹介いたします。
ウェビナーを見る本电子书では,挥动ワークフローのすべてのステップの概要を説明し,バルクデータおよびシングルセルデータを解析するために,利用可能なコンピューター解析パイプラインに重点を置いています。重要な検討事項および潜在的な課題について考察し,市販製品を紹介し,思い通りの挥动ベースの遺伝子発現と制御研究をデザインして実行するためのアドバイスを行います。
PDFをダウンロードイルミナのBio-RadシングルセルRNAシーケンスソリューションでは,非常に革新的なBio-Radの滴数字™技術(ddSEQ™)とイルミナの挥动ライブラリー調製,シーケンス,および解析の技術が組み合わされています。コスト効率が高く高感度で拡張性の高いこのハイスループットワークフローで,遺伝子発現の有益な知見が得られます。
特定の試験で1回の実験で数十個から数百個の細胞といった少数の細胞を処理したい場合は,下記のロースループット法をおすすめします。
NIHR家伙的および圣托马斯的生物医学研究中心的博士のAlka Saxenaに,シングルセルシーケンス解析に興味がある研究者へのアドバイス,実験計画の際に考慮すべき点,さらに,シングルセルゲノミクス分野におけるトレンドについて話を伺いました。
ビデオを見る毕格罗海洋科学实验室の研究者は,シングルセルRNAシーケンスを利用して海洋表層に生息するバクテリアの調査を行いました。海洋研究におけるシングルセルRNA序列の詳細はこちら.
腫瘍の異なる領域におけるトランスクリプトームプロファイルの違いを調べることで,再発や転移に関する理解を深めることができます。がんRNA-Seqの詳細はこちら.
イルミナのシングルセル解析技術を利用したピアレビュー論文の概要をご覧ください。これらの論文には,さまざまなシングルセル解析のアプリケーションおよび技術が示されています。研究論文集を読む.
次世代シーケンス(上天)テクノロジーとqPCRテクノロジーとを比較した場合,重要な違いは検出力です。2つのテクノロジーを比較し,幅広いダイナミックレンジと高い感度を備える挥动がどのように変異を検出し定量化できるかをご覧ください。
詳細はこちらからシングルセルRNA-Seqを利用して,腫瘍微小環境での各細胞型におけるリガンド——受容体相互作用を介した細胞間コミュニケーションの特徴を明らかにしました。
論文を読むシングルセルRNA序列を利用して、造血幹細胞の分化系列決定が個別の前駆細胞への分化を伴わない緩やかなプロセスであることを実証しました。
論文を読むシングルセルRNA序列を利用して、免疫系に対する老化の影響を調べ、老化に関連した細胞間の転写変動が老化の特質であることを明らかにしました。
論文を読む