这种基于扩增子的下一代测序(NGS)分析旨在帮助临床研究实验室识别新型SARS-CoV-2菌株。它包括2019-nCoV引物,用于检测SARS-CoV-2病毒的突变和描述RNA。
Illumina COVIDSeq试剂盒可容纳低数量的样品。该工作流程包括病毒RNA提取、RNA到cdna转换、PCR、文库制备、测序、分析和报告生成等步骤。
该检测利用了公开可用的ARTIC多重PCR协议的改进版本,带有98个旨在扩增SARS-CoV-2病毒特异性序列的扩增子,并结合了经过验证的Illumina测序技术。PCR步骤的63℃退火温度改善了变异分析,为样品中存在的SARS-CoV-2菌株提供了重要的见解。
上传共识序列信息(FASTA文件)到开放的软件工具中,以分配谱系和注释突变。为了增加方便性,可以直接通过BaseSpace Sequencing Hub将文件上传到NCBI和/或GISAID App。
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