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TruSeq链总RNA物种相容性

生物兼容性的细节

TruSeq链总RNA是为人类、小鼠、大鼠和植物序列设计的,但可能适用于多种真核物种。下面的表格列出了经过实验室测试、Illumina完全支持、硅测试或客户报告工作的生物体。Illumina不能保证根据客户报告的结果去除rRNA。

独立Illumina公司核糖零加核糖核酸消耗试剂盒可用于人类、小鼠、大鼠和细菌样本的早期获取,并允许rRNA耗尽。

RNA测序的好处

RNA-SEQ使用下一代测序来分析转录组的表达,使研究人员能够检测已知或新的特征和量化RNA。

亚博官网人口
TruSeq链总rna -含零核糖核酸人/小鼠/大鼠
TruSeq链总RNA与核糖零金
有机体 实验室测试 在网上测试 客户报告 评论
蜜蜂的蜜蜂 尽可能使用高质量的RNA。
五倍子 去除5s,18s和28s rrnas。没有测试线粒体rrnas。
Ciona Intestinalis. 删除18 s rRNA。其他RRNA没有测试。
Colletotrichum higginsianum. 将删除28S和5.8S rRNA。不会移除5S rRNA。未评估18S rRNA。
桡脚类动物的物种 删除28S和18S rnas。其他rnas未被评估。
盘基网柄菌discoideum 从高质量RNA中去除28S和18S rRNA。不会删除小的RRNA。
雪貂艾鼬
Carpodacus mexicanus 去除5s和18s rRNA。不会删除18s rrna。没有测试线粒体rrnas。
面粉甲虫赤拟谷盗
青蛙爪蟾
果蝇果蝇 不会移除5S rRNA或28S rRNA的“正确”片段。
真菌黑曲霉 18S rRNA的300 nt区域不会从降解的样品中去除。尽可能使用高质量的RNA。
真菌底霉素 尽可能使用高质量的RNA。
真菌白色念珠菌
真菌新型隐球菌 不会移除5.8S或5S rrna。尽可能使用高质量的RNA。
真菌溶脂亚罗菌 不会移除5.8S或5S rrna。尽可能使用高质量的RNA。
人类 除血液外的所有组织;使用Truseq Stranded总RNA - 用于血液样品的Ribo-Zero珠蛋白。
虫子Rhodnius prolixus 尽可能使用高质量的RNA。线粒体rRNA未移除。
七鳃鳗 尽可能使用高质量的RNA。
海绵海绵Crambe Crambe. 尽可能使用高质量的RNA。
猴子(猕猴;Cynomolgus macaques.
猴子(非洲绿;Chlorocebus sabaeus
猴子(恒河;解剖
蚊子anopheles gambiae. 删除18 s rRNA。不会去除5S, 5.8S和12S, 16S线粒体rRNA。28S rRNA未检测。
鼠标 除血液外的所有组织;使用Truseq Stranded总RNA - 用于血液样品的Ribo-Zero珠蛋白。
线虫C. Elegans. 尽可能使用高质量的RNA。
蝾螈绿背虱 不能移除5.8S或5S rnas。尽可能使用高质量的RNA。
恶性疟原虫 不会移除5.8S或5S rrna。尽可能使用高质量的RNA。
poeciliid鱼类 移除28S和18S rRNA。可能不能删除所有5S rRNA。
老鼠 除血液外的所有组织;使用Truseq Stranded总RNA - 用于血液样品的Ribo-Zero珠蛋白。
大马哈鱼大西洋鲑 删除18S、5.8S和5S rnas。不会移除28S rRNA。未检测线粒体rnas。
海葵翻译起始因子 尽可能使用高质量的RNA。
删除28S、18S、5.8S和5S rnas。
刚地弓形虫 使用高质量的RNA。
锥虫属brucei 将清除28S和18S rRNA。其他rRNA未被评估。
大葱葱属植物fistulosum 删除18 s rRNA。其他RRNA没有测试。
斑马鱼Danio Rerio.

TruSeq链总rna与零核糖珠蛋白
有机体 实验室测试 在网上测试 客户报告 评论
人类 血液样本;对于所有其他组织,使用TruSeq链总rna -含零核糖核酸的人/小鼠/大鼠或TruSeq链总rna -含零核糖核酸金
鼠标 血液样本;对于所有其他组织,使用TruSeq链总rna -含零核糖核酸的人/小鼠/大鼠或TruSeq链总rna -含零核糖核酸金
老鼠 血液样本;对于所有其他组织,使用TruSeq链总rna -含零核糖核酸的人/小鼠/大鼠或TruSeq链总rna -含零核糖核酸金

TruSeq链总RNA与核糖零植物
有机体 实验室测试 在网上测试 客户报告 评论
拟南芥 与叶子,种子和根兼容。
鹰嘴豆菊苣 去除4.5S、16S、23S叶绿体rRNA和18S细胞质rRNA。不会去除5S叶绿体和5S细胞质rRNA。其他RRNA没有测试。
玉米 与叶子,种子和根兼容。
真核绿藻衣藻 尽可能使用高质量的RNA。
小道消息
日本忍冬金银花
玉米 与叶子,种子和根兼容。
镜子布什Coprosma被
苔藓Physcomitrella
Prorocentrum最低 去除18秒和28s rRNA。其他RRNA没有测试。
大米 与叶子,种子和根兼容。
大豆 与叶子,种子和根兼容。
番茄茄属植物lycopersicum
越南香菜红脚鹬odorata
水三叶草Marsilea vistita
大葱 尽可能使用高质量的RNA。
小麦 与叶子,种子和根兼容。

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