农业和环境中的基因组测序
世界各地的研究人员正在使用植物和动物测序来研究不同物种的基因组。这些基因图谱为发现提供了丰富的基础，帮助我们理解生命和进化，并为保护濒危物种找到新的途径。
在农业中利用下一代测序(NGS)也将有助于发展更多产和更可持续的实践，这样我们就可以共同应对不断变化的环境挑战和养活不断增长的人口的需求。
农业基因组测序方法
| 方法 | 描述 | 使用 |
|---|---|---|
| 德诺维测序 | 新创植物或动物测序是了解生物特征和与环境相互作用的基因基础的第一步。 | 分配图谱位置和堆叠品种信息，以便后续重测序发现单核苷酸多态性(SNPs)和其他遗传变异。 |
| 全基因组重测序 | 当一个物种的参考基因组可用时，用来分析整个基因组的一种综合方法。 | 识别基因、snp和结构变异，同时确定基因型。 |
| 转录组测序 | RNA测序提供了新的见解，以改变基因表达水平，发生在发展和疾病和压力条件。 | 阐明基因和蛋白质的功能和相互作用，识别组织特异性的RNA转录本列表，并发现新的SNPs。 |
| 表观遗传学 | 对环境变化(如食物供应或干旱条件)的适应性反应可以触发植物和动物的表型变化，从而影响它们的生存能力和生殖适合度。 | 通过测序来识别DNA甲基化、染色质结构和小RNA表达的变化，你可以更好地理解表观遗传因素是如何控制这些和其他特性的。 |
| 有针对性的重新排序 | 这种方法序列预先确定了许多样本的遗传变异区域。 | 识别常见和罕见的变异，如snp和拷贝数变异(CNVs)，以帮助提供育种决策或表征疾病易感性。 |
| 基因分型结果进行排序 | 一种低成本的基因筛选方法，用于发现新的植物和动物snp并进行基因分型研究，通常同时在许多标本中进行。 | 应用包括遗传映射，筛选回读线，纯度测试，构建单倍型图，对植物基因组研究进行关联和基因组评价。 |
| 环境DNA测序 | 一种有效的生物监测工具，允许在水生植物，土壤和其他样品中表征细菌和真核物种。 | 应用包括港口监测、生物多样性调查、压载水测试、土壤测试等。 |
| 基因组编辑 | CRISPR（集群定期间隙的短文重复）基因组编辑对农业，食品科学，环境科学以及广泛的其他应用具有巨大潜力。 | 确认基因敲除，分析靶上和靶外效应，评估基因编辑的功能影响。 |
植物基因组测序加速作物研究
该网络研讨会讨论了高质量，实惠的影响新创作物研究中的基因组集合。来自特拉维夫大学的Assaf Distelfeld讨论了最近生成的小麦祖基因组集合，以及这种新资源如何帮助改善小麦育种。
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