识别和跟踪传染病威胁
NGS的基因组监测可以跟踪传染病的传播，并识别新型冠状病毒株和其他新出现的病原体。利用近完整的病原体基因组序列数据，我们可以实施有效的传染病监测策略，以防止进一步的传播和感染。
利用下一代测序(NGS)进行传染病监测可以:
- 在全球追踪传染病的传输路线
- 确定冠状病毒等病原体等速度如何突变
- 在冠状病毒、甲型和乙型流感等病原体中识别新的和已知的突变
- 研究传染病治疗抵抗力
- 研究疫苗逃避机制
基因组监测有助于公共卫生官员追踪流行病的路径，进行接触者追踪，确定病原体进化的速度，并了解病原体是否正在改变，从而影响诊断或治疗效果。
检测和表征冠状病毒突变
NGS是新型冠状病毒感染症(COVID-19)等传染病基因组监测的重要技术。与PCR技术不同，NGS不仅可以跟踪冠状病毒突变株的流行情况，还可以识别新的冠状病毒突变。利用NGS，科学家们可以检测低频少数变异、多重多态性和新突变。
由于冠状病毒发生变异，新品种发展，如B.1.1.7（阿尔法变形，UK），B.1.351（测试版变种，南非），P1（伽马变形，巴西）和B.1.617.2（三角洲变体，印度）。监测和监测是至关重要的，因为突变可能导致更大的传播性或传染性。这些冠状病毒突变可能会使疫苗较低效率/保护性甚至逃避试验诊断。
与NGS键入的基因组菌株可以帮助流行病学家识别和表征突变，以防止进一步扩散。应变级别跟踪可以支持爆发簇和传输路线的识别。
相比之下，PCR设计用于检测病原体基因组的特定区域;它不会识别跨越迅速发展的病原体基因组的新突变。此外，如果在引物或探针结合区域中发生突变，PCR性能会遭受。
COVID-19:新变异的影响
从分钟开始52:31，Charles Chiu博士，感染权和冠状病毒突变的影响，讨论了病毒变异。这些包括B.1.1.7菌株导致英国浪涌;B.1.351，首次在南非报道。
查看视频冠状病毒基因组监测工作流程
特色产品
NovaSeq试剂盒
Novaseq 6000系统的试剂盒提供了用于簇生成和SBS的即用盒的试剂。
NextSeq 550系统
灵活的NextSeq 550系统提供了高通量测序和阵列扫描之间的无缝过渡。
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突破性的台式序列序列允许您探讨各种电流和新兴应用的新科学，效率更高，克制较少。
预防下一次大流行
估计高达75％的新的或新兴的传染病均估计有源。1,2我们现在知道，人畜共患病宿主在病原体传播中起着重要作用。有了NGS，就有可能对蝙蝠等水库动物进行筛选，以预测和预防病毒病原体的爆发。
基于ngs的目标富集或宏基因组学的传染病监测可以帮助我们了解物种间传播，人畜共患疾病如何出现、传播和对常用疗法产生耐药性，并使我们能够更好地控制、治疗和预防疾病暴发。
靶向的富集测序可以缩放以监测群体病原体，而Metagenomics的基因组监测允许无偏，无界面的培养检测和鉴定广泛的病原体。Metagenomics还有助于我们了解我们的微生物组和病原体相互作用之间的关系，这在设计措施控制传染病时是重要的。
yobet亚洲亚博官网人口了解更多:
目标浓缩宏基因组测序
更多传染病监测应用
食品监测
微生物全基因组测序可以获取病原体从食物传播到人类时的所有遗传变异信息。我们能描述的变异越多，找到感染源和传播途径的概率就越高。
病毒监测
靶富集使用杂交来捕获感兴趣的基因组区域。该方法可以提供检测病毒所需的高灵敏度，并提供有关其流行病学和进化的信息。
呼吸道感染监测
这些面板为呼吸病原体和呼吸道病毒检测和表征提供靶向富集测序溶液，包括Covid-19和流感。
人畜共患病水库的监测
鸟枪宏基因组学能够对人畜共患病样本中完整微生物群落的DNA进行测序，包括新物种和已知物种。测序读数可用于了解AMR基因和/或物种分布的出现、进化和传播。
医疗收购的感染监测
基于NGS的细菌基因组测序与用户友好的bioMérieux软件相结合，可实现全面的分离鉴定和表征。
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特色基因组监测出版物
污水基因组测序检测区域流行的SARS-CoV-2变异
需要大规模的基因组监测，以便在早期发现新出现的菌株
通过基于NGS的监测和探针捕获发现蝙蝠冠状病毒
相关解决方案
冠状病毒测序
NGS可以描述SARS-CoV-2和其他呼吸道病原体的特征，识别新的病原体，等等。比较常见冠状病毒研究的NGS方法。
coronavirus软件
用于检测和识别病毒序列的软件工具，检查Covid-19主机响应，并为共享数据库提供结果。
COVID-19宿主风险与免疫反应
询问宿主遗传变异的方法和剖面驱动免疫应答的分子机制。
参考文献
- Woolhouse ME, Gowtage-Sequeria S。主机范围和新兴和重新制造病原体. Emerg感染Dis。2005;11:1842-7.10.3201/eid1112.050997
- Jones Ke，Patel Ng，Levy Ma，Storeygard A，Balk D，Gittleman JL等。新兴传染病的全球趋势。自然。2008; 451：990-3。