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微生物基因组学

NGS艾尔斯艾尔埃博拉战斗的研究人员

基因组研究使研究人员能够跟踪爆发并理解病毒的快速变异率

NGS艾尔斯艾尔埃博拉战斗的研究人员
2015年5月14日

停止埃博拉病毒传播的工作已经需要从各种专家的投入,包括临床医生,公共卫生工程师和流行病学家。然而,在其轨道中停止埃博拉病毒将需要在最基本的水平上了解病毒。研究人员现在使用下一代测序(NGS)平台,如Illumina的Hiseq和Miseq系统,以了解病毒的遗传结构。感染病毒的人的样品的深度测序揭示了一些许多秘密,包括快速突变率。

Pardis Sabeti, PhD, a computational geneticist at Harvard University, and Christian Happi, PhD, a visiting professor of infectious disease at Harvard School of Public Health and Director of the African Center of Excellence for Genomics of Infectious Diseases (ACEGID), Redeemer’s University, Ede, Osun State, Nigeria, have spent much of the last year using the HiSeq System to understand how this virus spreads and changes over time.

他们的结果显示,埃博拉于2004年从其中东地区的历史家庭搬到了西非。随着病毒从人类移动,甚至在同一主体内乘以时,遗传变异就会大量的遗传变异。

“不是一个共识病毒序列,发现成千上万的病毒不同的遗传快照,因为它在一个单独的突变,” Sabeti博士说。

该研究还透露,这种病毒的这种伤害可能仅从动物储层一次跳跃,但是一个溢出的事件创造了一种持续的人对人类传播链。2014年10月,一群独立的科学家们将埃博拉传播链追溯到几内亚的小孩。

“如果我们看到每一次疫情都是独立的,它们没有基因上的联系,也不来自于同一棵进化树,那么我们可能会认为这些是来自自然宿主的不同感染,是环境不同输入的结果,”萨贝提博士说。“然而,这些疫情在时间上密切相关,接触者追踪支持了这一点。这表明,这只是一个长病毒传播链中的单个事件。”

这些结果证实了联系跟踪的重要性,以防止疾病传播。因为病毒没有不断地重新引入环境中,流行病学家都知道,如果他们可以阻止人们互相传递病毒,那么他们就可以阻止爆发。

了解更多关于这个深度访谈的开创性研究。

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