微生物转录组

微生物转录组和元转录组信息对于预测对特定抗生素的耐药性、理解宿主-病原体免疫相互作用、量化基因表达变化和跟踪疾病进展非常重要。细菌、病毒和其他微生物的下一代RNA测序(RNA- seq)已成为分析转录组和元转录组信息的标准方法。

转录组是由生物体基因组编码的一组rna。元转录组包括一组生物体在一个复杂样本中编码的所有rna。

细菌、病毒和其他微生物RNA-Seq实验可以注释和定量综合微生物转录本。提取细胞RNA，转化为cDNA，用于制备测序文库。序列读取后被映射回参考基因组，提供关于外显子连接和剪接位点等特征的定性信息，以及可以在许多实验集进行比较的定量转录数据。

与基于杂交的方法如微阵列不同，RNA-Seq能够对普通和新的转录本进行无偏链特异性识别。广泛的动态范围使得在单个细菌、病毒或其他微生物RNA-Seq实验中能够自信地识别高和低表达子。可以同时处理多个样本，具有适合自动化的流线型工作流。