ATAC-Seq是什么?
具有测序（ATAC-SEQ）的转座酶可接近染色质的测定是用于在基因组上测定染色质可接受性的普遍方法。通过排序染色质的区域，ATAC-SEQ可以帮助您揭示染色质包装和其他因素如何影响基因表达。
ATAC-Seq不需要调控元件的先验知识，这使它成为一个强大的表观遗传学发现工具。它已经被用来更好地理解复杂疾病、胚胎发育、t细胞活化和癌症中的染色质可及性、转录因子结合和基因调控。1,2ATAC-SEQ可以以高分辨率在散装细胞群或单个细胞上进行。
应用ATAC-Seq
ATAC-SEQ的染色质辅助性分析可以为基因组的监管景观提供有价值的见解。流行的应用包括：
- 核小体映射
- 转录因子结合分析
- 小说增强器识别
- 探索疾病相关调控机制
- 细胞类型特定的调节分析
- 进化研究
- 比较表观基因组学
- 生物标志物的发现
此外，ATAC-Seq还可以与RNA测序等其他方法相结合，成为研究基因表达的多组学方法。3.后续的实验通常包括ChIP-Seq、Methyl-Seq或hi - c seq，以进一步表征表观遗传调控的形式。
“ATAC-Seq允许你提出关于复杂或罕见组织的表观遗传变异的问题，以及之前在全基因组水平上从未观察到的细胞群体的表观基因组景观。”
ATAC-SEQ如何工作？
在ATAC-Seq中，基因组DNA暴露于Tn5，这是一种高度活跃的转座酶。Tn5同时对DNA进行片段，优先插入开放的染色质位点，并添加测序引物(这一过程称为标记)。测序的DNA鉴定开放的染色质和数据分析可以提供洞察基因调控。
ATAC-Seq协议
我们推荐以下ATAC-Seq方案:Buenrostro J, Wu B, Chang H, Greenleaf W. ATAC-Seq:一种测定染色质可及性全基因组的方法。Curr Protoc Mol Biol。109:21.29.1 2015; 21.29 - 9。
请注意，TDE1酶和缓冲试剂盒现在已经分别从Illumina (Cat。编号20034197和20034198)。方案中的所有其他步骤，包括酶和缓冲液浓度保持不变。
查看协议
单细胞ATAC-Seq
单细胞ATAC-SEQ将单细胞的分隔率和条形划线与TN5标签组合。TN5转座酶标记用测序适配器打开染色质区域。然后将标记的DNA片段纯化，扩增和测序。
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ATAC-Seq的覆盖建议
ATAC-Seq所需的最低测序覆盖率因研究目标而异。该表提供了一些常见应用的指南。
我们建议使用ATAC-SEQ的配对读数。与单读测序相比，配对盖读取优惠：
- 更高的独特对准速率
- PCR复制物的去除
- 关于可访问序列的更完整的信息
- 将读为无核细胞，单核体或二核体的能力
| 研究目标 | 推荐深度 |
|---|---|
| 人类样品的开放染色质差异的鉴定 | ≥50 M对端读取 |
| 转录因子印迹构建基因调控网络 | > 200米配对读数 |
| 单细胞分析 | 每个细胞核/细胞25-50 K对端读取 |
由于实验需求不同，我们鼓励您查阅科学文献，以确定您的项目的正确覆盖级别。
网络研讨会:ATAC-Seq全基因组染色质可及性分析
在本次网络研讨会中，您将学习如何使用ATAC-syobet亚洲eq进行全基因组染色质可达性分析，以及它如何与其他染色质可达性分析方法相适应。William Greenleaf讨论了ATAC-seq的发展，它的使用，以及对单细胞的适应。Bing Ren和Sebastian Preissl讨论了使用组合索引的单细胞ATAC-seq，以及在大脑、心脏和其他组织中的应用。
查看网络研讨会特色ATAC-Seq出版物
对开放的染色质、dna结合蛋白和核小体位置进行快速和敏感的表观基因组分析。
Buenrostro JD, Giresi PG, Zaba LC，等。
NAT方法。2013; 10(12): 1213 - 1218。
外延一体化的研究揭示了TAU病理在老化和阿尔茨海默氏人的人脑中驱动的组蛋白乙酰化的大规模变化。
Klein HU, McCabe C, Gjoneska E，等。
Nat >。2019; 22(1): 37-46。
先天和适应性免疫记忆的表观遗传控制。
刘CM，亚当斯NM，吉尔里CD，等。
Nat Immunol。2018; 19(9): 963 - 972。
组合蜂窝索引的多重单细胞分析染色质可用性。
库萨诺维奇DA, Daza R, Ade A等。
科学。2015, 348(6237): 910 - 914。
单细胞染色质可及性揭示了调控变异的原则。
Buenrostro JD, Wu B, Litzenburger UM，等。
大自然。2015, 523(7561): 486 - 490。
基于液滴的大规模单细胞染色质可及性的组合索引。
Lareau Ca，Duarte FM，Chew Jg等人。
生物科技Nat》。2019年,37(8):916 - 924。
ATAC-Seq工作流
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参考文献
- 库萨诺维奇检察官，雷丁顿JP检察官，加菲尔德检察官，等等。在单细胞分辨率下胚胎发育的顺式调控动力学。大自然。2018;555：538-542。13。
- Gate RE, Cheng CS, Aiden AP，等。人类活化t细胞中共可及染色质区域的遗传决定因素．Nat麝猫。2018;50:1140 - 1150。
- 曹杰，库萨诺维奇DA，拉马尼V，等。在数千个单细胞中染色质可及性和基因表达的联合剖面。科学。2018; 361：1380-1385。