识别和跟踪传染病威胁
NGS的基因组监测可以跟踪传染病的传播，并识别新型冠状病毒株和其他新出现的病原体。利用近完整的病原体基因组序列数据，我们可以实施有效的传染病监测策略，以防止进一步的传播和感染。
利用下一代测序(NGS)进行传染病监测可以:
- 追踪全球传染病的传播途径
- 确定冠状病毒等病原体在传播过程中变异的速度
- 在冠状病毒、甲型和乙型流感等病原体中识别新的和已知的突变
- 研究传染病治疗的耐药性
- 研究疫苗逃避机制
基因组监测有助于公共卫生官员追踪流行病的路径，进行接触者追踪，确定病原体进化的速度，并了解病原体是否正在改变，从而影响诊断或治疗效果。
检测和描述冠状病毒突变
NGS是新型冠状病毒感染症(COVID-19)等传染病基因组监测的重要技术。与PCR技术不同，NGS不仅可以跟踪冠状病毒突变株的流行情况，还可以识别新的冠状病毒突变。利用NGS，科学家们可以检测低频少数变异、多重多态性和新突变。
随着冠状病毒的变异，出现了B.1.1.7 (Alpha变异，英国)、B.1.351 (Beta变异，南非)、P1 (Gamma变异，巴西)、B.1.617.2 (Delta变异，印度)等新菌株。监测和监测是至关重要的，因为突变可能导致更大的传播性或传染性。这些冠状病毒突变可能会降低疫苗的有效性/保护性，甚至逃避检测诊断。
NGS的全基因组菌株分型可以帮助流行病学家迅速识别和描述突变，以防止进一步传播。毒株级别的追踪可支持确定暴发群集和传播途径。
相反，PCR的目的是检测病原体基因组的特定区域;它不会在快速进化的病原体基因组中识别新的突变。此外，如果引物或探针结合区域发生突变，PCR的性能会受到影响。
COVID-19:新变异的影响
从52:31分开始，传染病和冠状病毒变异影响方面的权威Charles Chiu博士讨论了病毒变异。其中包括在英国激增的B.1.1.7菌株;B.1.351，首次在南非报道。
查看视频冠状病毒基因组监测工作流程
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预防下一次大流行
据估计，高达75%的新发或正在出现的传染病具有人畜共患病的起源。1，2我们现在知道，人畜共患病宿主在病原体传播中起着重要作用。有了NGS，就有可能筛选储存动物，如蝙蝠，以预测和预防病毒病原体爆发。
基于ngs的目标富集或宏基因组学的传染病监测可以帮助我们了解物种间传播，人畜共患疾病如何出现、传播和对常用疗法产生耐药性，并使我们能够更好地控制、治疗和预防疾病暴发。
可以扩大靶向富集测序，以监测人畜共患病病原体，而宏基因组学的基因组监测允许无偏、无培养的检测和鉴定大量病原体。宏基因组学还帮助我们理解微生物群和病原体相互作用之间的关系，这在设计控制传染病的措施时非常重要。
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人畜共患病水库监测
Shotgun宏基因组学能够对人畜共患病样本中完整微生物群落的DNA进行测序，包括新物种和已知物种。测序结果可用于了解AMR基因的出现、进化和传播和/或物种分布。
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COVID-19宿主风险与免疫反应
方法询问宿主遗传变异和描述驱动免疫反应的分子机制。
参考文献
- Woolhouse ME, Gowtage-Sequeria S。宿主范围和新出现和再次出现的病原体．新兴感染疾病2005;11:1842-7。10.3201 / eid1112.050997
- 王志强，王志强，王志强，等。新发传染病的全球趋势．大自然。2008;451:990-3。